蔡總統英文於520就職演說即宣示推動「新南向政策」，提升臺灣對外經濟的格局及多元性，重新建構臺灣與亞洲的連結，並於2016年8月16日召開對外經貿戰略會談正式通過「新南向政策綱領」，將「新南向政策」定位為整體對外經貿戰略的重要一環。行政院依此於9月5日提出「新南向政策推動計畫」，並由經貿談判辦公室負責統籌與協調相關執行工作。

　　本會配合政府新南向政策，成立農業新南向政策工作小組，目標為分散與開發農產品外銷市場、強化與南向國家之農業合作與交流，期應用我與新南向各國之農業技術合作平臺，拓展我優良農業資材、技術行銷新南向國家之商機，推動和東協、南亞及紐澳等國家的多邊或雙邊合作事項。

　　本會2016年配合政府新南向工作，推動之農業交流活動業完成下列工作項目：

• 協助外交部與財團法人國際合作發展基金會於10月20-11月1日在臺舉辦「2016年緬甸檢驗檢疫標準專班」；結合民間及NGO力量，增加我國生產的小型農業機械外銷市場及落花生品種境外授權商機，藉此與緬甸等國的落花生品種進行比較試驗；11月初印尼農業部長安南來臺會晤曹前主任委員啟鴻，研商臺印尼農業合作事項，本會安排渠參訪我國田間埤塘及水路介紹、稻穀倉儲、水稻農機及網室蔬菜產銷班，以促進後續埤塘灌溉設施整廠輸出及園藝作物合作之契機；11月22日-26日於越南胡志明市辦理第10屆臺越農漁業合作會議，邀請我農糧、畜牧產業業者計20餘人赴越南辦理「臺越農企業洽談會」，以促進雙方產業介接及商機。
• 5月12日與印尼簽署「臺印尼農業合作協定」，建立常態性對話機制，以強化雙邊農業科技合作、產業交流及市場進入等。另於9月12日與印度簽署「臺灣與印度雙邊農業合作備忘錄」，兩國將基於平等互惠原則，共同推動農業各領域之規劃、生產、加工與運銷，並加強生產資材、遺傳資源以及環境永續等之雙邊合作；此外，並於12月24日簽署「駐臺北印度—臺北協會與駐印度臺北經濟文化中心間鐵道遺產合作意向書」，共同推動雙方與森林鐵路相關經貿、觀光、防災等合作。