1月

• 訂定發布「基因改造飼料或飼料添加物許可查驗辦法」。
• 修正發布「農藥標示管理辦法」第5條、第6條。
• 修正發布「輸出植物種子特定病原檢測作業要點」第2點、第5點附件2。
• 修正發布「化製場及化製原料運輸車消毒及管理辦法」第15條、第18條、第19條。
• 修正發布「辦理政策性農業專案貸款辦法」第14條及第22條附表1之2、附表1之4、附表1之12、附表1之13、第24條附表2之12。
• 訂定發布「農村社區企業經營輔導作業要點」。
• 公告修正「家禽健康證明書」格式，並自105年2月1日起生效。

2月

• 本會水保局與國家災害防救科技中心簽署合作協議備忘錄。
• 訂定發布「寵物食品業者申報辦法」。
• 訂定頒布「一般動物用藥品新藥檢驗登記申請程序精簡審查措施」。
• 訂定發布「展演動物業設置及管理辦法」。
• 與美簽署「臺灣附帶栽培介質植物工作計畫」。
• 公告「動物用一般藥品新藥檢驗登記優先審查規範」。
• 公告修正「福建省金門縣偶蹄類動物及其產品禁止輸往臺灣本島及其他離島」第4點。
• 本會派員陪同臺灣蘭花育種者協會及第6屆蘭花優秀育種人才「菁育獎」得獎者晉見總統。
• 訂定發布「105年度未滿一百噸赴太平洋印度洋從事捕撈鮪類及類鮪類作業漁船電子回報漁獲資料輔導措施」。
• 修正發布「動植物檢疫規費收費實施辦法」第13條及第10條附表1。
• 修正發布「處理天然災害漂流木應注意事項」。
• 派員赴秘魯出席「第9次APEC『打擊非法採伐林木及相關貿易專家工作小組（EGILAT）』會議」。

3月

• 在臺召開「第5次臺日漁業委員會」。
• 本會會銜衛生福利部修正發布「屠宰衛生檢查規則」第16條。
• 修正發布「未滿一百噸漁船赴太平洋印度洋從事捕撈鮪類及類鮪類作業應行遵守及注意事項」第2點、第3點、第4點、第5點、第10點、第11點；並刪除第14點及第17點。
• 與CPVO簽署「臺灣與歐盟植物品種權保護行政協議」。
• 舉辦「2016臺歐盟植物品種權保護研討會」。
• 舉辦「2016臺灣國際蘭展」。
• 輔導業者赴杜拜參加「2016中東國際農業展」。
• 修正發布「農業天然災害低利貸款項目及額度」，並溯自105年1月25日生效。
• 召開「臺菲漁業執法合作協定第2次技術工作小組（TWG）會議」。
• 訂定發布「行政院農業委員會審查屠宰業申請引進外勞資格認定作業要點」。
• 修正發布「辦理政策性農業專案貸款辦法」及相應貸款規定，並自105年3月22日施行。
• 公告修正「中華民國輸入植物或植物產品檢疫規定」部分規定，並自105年6月1日生效。
• 舉辦「2016兩岸三地水土保持及坡地防災研習課程」。
• 舉辦「農業科技產業化資源聯合說明會」。
• 修正發布「輸歐盟漁產品養殖場登錄管理作業要點」第5點附件7。
• 舉行全國首座「冷水養殖示範廠」動土典禮。
• 舉辦「植樹造林 呵護臺灣」2016年中樞紀念植樹活動。

4 月

• 派員赴澳洲出席「SPRFMO第4屆紀律工作小組會議」。
• 修正發布「核發進口水產品及水產加工品有機標示同意文件審查作業要點」第3點、第4點、第12點及第11點附件8。
• 派員赴澳洲研商「我國荔枝品種赴澳大利亞昆士蘭州試種計畫」。
• 派員赴中國大陸出席「2016兩岸植物品種權工作組會議」。
• 舉行「2016水土保持月啟動記者會」。

5 月

• 派員赴秘魯出席「APEC海洋與漁業工作小組（OFWG）第6次會議」暨「APEC建立亞太地區水產品供應鏈之優良實踐典範研討會」。
• 派員赴秘魯出席「APEC糧食安全政策夥伴會議」。
• 阿里山森林鐵路與瑞士馬特洪哥塔鐵道及其所屬高納葛拉特鐵道締結為姊妹鐵路（第3條），由行政院張前院長善政見證簽署合作意向書。
• 修正公布「農田水利會組織通則」第16條、第17條、第19條、第19-1條；並增訂第15-1條。
• 修正發布「農田水利會會長選舉罷免辦法」第6條、第14條、第21條及「農田水利會會務委員選舉罷免辦法」第7條、第15條、第22條、第31條。
• 駐印尼代表處張前代表良任與印尼經濟貿易代表處艾立富代表（H.E.Arief Fadillah）在臺北共同簽署「臺印尼農業合作協定」。
• 協助農科院舉辦「伴侶動物產學研聯盟成立大會」。
• 與外交部、法務部及行政院海岸巡防署共同赴印尼協商臺、印尼漁業合作備忘錄（MOU）及海事交流通報機制，並參加「建立打擊非法捕魚區域協定會議」。
• 派員赴法屬留尼旺島出席「IOTC第13屆紀律委員會及第20屆年會」。
• 舉行「2015年集水區保育成果發表會」。
• 與亞太糧肥合辦「2016年國際蔬果嫁接研習會」。
• 由陳前主任委員志清與吐瓦魯天然資源部部長皮塔（Mr. Elisala Pita）代表簽署「中華民國政府與吐瓦魯國政府間漁業合作協定」；沙前副主任委員志一與諾魯外貿部次長阿洛誼（Mr.Michael Aroi）代表簽署「中華民國政府與諾魯共和國政府間漁業合作協定簽署儀式」。
• 修正發布「辦理政策性農業專案貸款辦法」第15條、第20條、第23條、第35條。
• 修正發布「農會出資或投資審核辦法」第3條、第6條。
• 與臺北野生物貿易研究委員會、臺北市立動物園及美國在臺協會合辦「2016打擊野生動物犯罪執法研習會」。
• 公告修正「動物及動物產品輸入檢疫條件」第3點附件 1之13「禽鳥之輸入檢疫條件」第5點、附件1之14 「雛禽鳥與種蛋之輸入檢疫條件」、附件1之16「自美國輸入禽鳥之檢疫條件」第5點及附件1之17「自美國輸入雛禽鳥與種蛋之檢疫條件」；並自105年12月1日生效。
• 訂定發布「森林以外之樹木普查方法及受保護樹木認定標準」。

6 月

• 修正發布「漁會人事管理辦法」第42條、第86條及第12條附表5。
• 農業金庫新竹分行及嘉義分行開業。
• 公告修正「動物及動物產品輸入檢疫條件」第2點、第6點。
• 召開「第3屆臺紐ANZTEC食品安全檢驗與動植物防疫檢疫措施（SPS）聯合管理委員會議（JMC）」。
• 修正發布「漁會選舉罷免辦法」第6條、第13條。
• 於楊梅、新埔、龍井、福興、朴子及柳營等6鄉（鎮、市、區）推動試辦2016年第2期作稻作直接給付與保價收購雙軌制。
• 舉辦「2016年臺紐農藥登記管理制度及殘留安全容許量之制訂合作研討會」。
• 派員赴韓國與海洋水產部就我國漁船赴韓國釜山港卸魚或轉載檢查合作事宜進行雙邊諮商會議。
• 於「2016年臺北國際食品展覽會」以「臺灣新食代」為主軸設置臺灣館。
• 召開「第1屆臺法農業合作會議」。
• 內政部會銜本會修正發布「從事農業工作農民申請參加農民健康保險認定標準及資格審查辦法」第3條、第13條；並增訂第2-1~2-4條。
• 舉行「臺南國際芒果節國際旅遊媒體及旅行業者記者會」。
• 本會水保局「土石流防災資訊網」及「智慧水保服務網」榮獲臺灣地理資訊學會第12屆金圖獎（應用系統類）。
• 公告訂定「動物傳染病防治條例第41條之1第1項所定『一定期間』為中華民國105年7月1日起至106年6月30日止，『特定種類動物傳染病』為高病原性家禽流行性感冒、口蹄疫及狂犬病」，並自105年7月1日生效。
• 曹前主任委員啟鴻主持召開「新希望農村—跨世代X農社企論壇」。
• 修正發布「檢舉違反動物保護法案件獎勵辦法」第5條。

7 月

• 公告修正「動物及動物產品輸入檢疫條件」第8點附件4之4「自巴拉圭輸入冷藏、冷凍供人食用牛肉檢疫條件」。
• 修正發布「馬鈴薯種薯病害驗證作業須知」。
• 我國與馬紹爾群島共和國召開漁業合作雙邊會議。
• 高雄市燕巢動物保護關愛園區落成啟用。
• 本會農試所與澳大利亞昆士蘭州政府農漁部代表簽署「臺澳大利亞昆士蘭州荔枝品種合作試種計畫」合作備忘錄，並舉辦「荔枝生產及運銷座談會」。
• 公告修正「紅火蟻標準作業程序」（第7版）。
• 本會與日本靜岡縣御殿場市簽訂合作意向書。
• 訂定發布「農田水利會會員資格認定及資料使用管理辦法」。
• 修正發布「依動物用藥品管理法」第14條第2項，限制歐來金得（Olaquindox）、洛克沙生（Roxarsone）、待美嘧唑（Dimetridazole）、羅力嘧唑（Ronidazole）、卡巴得（Carbadox）及胺苯亞砷酸（Arsanilic acid）等6種動物用藥品之使用方法、範圍。
• 在臺召開「2016 APEC零售與消費端糧食損失與浪費專家諮詢會議」。
• 舉辦「2016年全國農業行政首長第1次座談會」。
• 本會於「2016臺灣國際生物科技大展」以「創新智慧新農業、永續共享新價值」為主軸，設置「農業科技館」。
• 修正發布「犬貓及偶蹄類動物進出澎湖地區檢查規則」第7條、第8條、第10條；並刪除第14條。
• 舉行「國產生鮮豬肉追溯系統啟動記者會」。

8 月

• 修正發布「農業天然災害低利貸款項目及額度」，刪除「荖藤、荖葉、荖花」須專案種植登記之申貸規定，並溯自105年7月9日生效。
• 與經濟部水利署合辦「2016年堰塞湖緊急應變聯合高司演練」。
• 派員赴印尼出席「WCPFC第12屆科學次委員會會議」。
• 舉行「2016農業科技國際參展展前記者會」。
• 於「2016臺灣美食展」以「食在地 享當季」為主軸，設置「臺灣農業館」。
• 舉辦首屆「臺灣農業黑客松」。
• 調降各種「政策性農業專案貸款」之利息差額補貼基準0.07個百分點。
• 與國家發展委員會合辦「農為國本—臺灣農業檔案特展」。
• 公告「動物及動物產品輸入檢疫條件」第3點附件1之13「禽鳥之輸入檢疫條件」第8點第1項、附件1之16「自美國輸入禽鳥之檢疫條件」第8點第1項鳥輸入後隔離檢疫規定，定自106年4月1日施行。
• 舉辦「2016臺灣越南生物多樣性保育研討會」。
• 訂定發布「金融機構承受災區農地漁塭與其他農業相關設施放款擔保品全部毀損或滅失補助辦法」。
• 與APO合辦「第1屆生物農藥與生物肥料國際研討會」。
• 舉行「第10屆農金獎頒獎典禮」。
• 與馬紹爾群島共和國簽署漁業合作協定。
• 舉行「國產生鮮豬肉溯源系統聯合檢查正式啟動」記者會。
• 派員赴秘魯出席「第10次APEC『打擊非法採伐林木及相關貿易專家工作小組（EGILAT）』會議」。

9 月

• 召開「CCSBT第7屆管理程序及運作模式（OMMP）會議」及「第21屆延伸科學委員會會議」。
• 與衛福部成立「國產生鮮豬肉追溯標示牌查核輔導小組」。
• 組團赴泰國參加「Food & Hotel Thailand 2016」展覽。
• 舉行「2016海宴水產精品頒獎典禮」。
• 舉行「第6屆大專生洄游農村競賽成果發表會暨頒獎典禮」。
• 我國與印度簽署雙邊農業合作備忘錄。
• 修正發布「甘藷種苗病害檢定驗證作業須知」，名稱並修正為「甘藷種苗病害驗證作業須知」。
• 與內政部營建署合辦「2016國際濕地大會」，會中本會林務局、特有生物研究保育中心（特生中心）、林試所、行政院環境保護署、經濟部水利署及內政部營建署共同簽署2016-2021年濕地保育部會合作協議。
• 召開「2016臺日砂防行政官會議」。
• 組團赴印尼參加「2016印尼—東南亞食品原料展」。
• 舉辦「2016年全國漁民節慶祝系列活動」。
• 曹前主任委員啟鴻率團赴秘魯出席「第4屆APEC糧食安全部長會議」。
• 舉辦「2016臺灣觀賞魚博覽會」。
• 與經濟部等5大部會合辦「2016臺北國際發明暨技術交易展」。
• 舉辦「農情好禮遊購Young－享食生活好健康」。
• 派員赴南非出席「華盛頓公約第17屆締約方大會」。
• 舉辦「臺灣農業精品暨農村輔導成果聯合展」。

10 月

• 與APO及APAARI合辦「食品安全管理訓練班」。
• 舉行「2016年銀髮友善食品獲選產品發表記者會」。
• 舉辦「CCSBT第11屆紀律委員會暨第23屆延伸委員會年會」。
• 修正發布「辦理政策性農業專案貸款辦法」第15條、第28條、第35條及第23條之附表1、第24條之附表2之12、第27條之附表3之12、附表3之15；並自105年10月12日施行。
• 修正發布「動物用藥品使用準則」第4條之附件2。
• 修正發布「農田水利會組織規程」第23條、第34條、第37條。
• 舉行「2016年全國優質石斑魚頒獎典禮」。
• 派員赴馬來西亞出席「東南亞測繪協會（ASEAN FLAG）第61次理事會議」。
• 召開「2016臺美農業科學合作會議」。
• 派員赴馬來西亞出席「第57屆各國生產力機構主管工作會議」。
• 派員赴日本出席「2016臺日漁業科研合作雙邊諮商會議暨研討會」。
• 舉行本會輔導之「台灣國際農業開發（股）公司」成立記者會。
• 修正發布「輸歐盟水產飼料加工廠登錄管理作業要點」，名稱並修正為「歐盟登錄水產飼料加工廠管理作業要點」。
• 舉行「2016年全國四健年會暨『2016綠動四健—潛力無限』」頒獎典禮。
• 舉辦「2016年公私有林經營輔導成果展」。
• 舉辦「環境教育2.0－轉型關鍵‧定義未來：2016年英國田野學習協會（Field Studies Council）典範轉移與實務交流論壇」。

11 月

• 修正發布「農藥標準規格準則」第3條。
• 與APAARI合辦「成功農業食品創新專家諮詢會議」暨「APAARI第14屆會員大會」。
• 於臺北國際旅展設置「臺灣農業旅遊館」及「農業旅遊美食伴手館」。
• 派員赴日本出席「臺日鮪漁業會談」臺灣小型鮪延繩釣漁船強化管理會議。
• 本會水保局南投分局「中心崙崩塌地排水整治工程」及臺中分局「三灣大河底野溪整治2期工程」，分別榮獲公共工程金安獎工程類C組優等及佳作。
• 修正公布「動物用藥品管理法」第1條、第3條、第3-1條、第5條、第12-2條、第14條、第16條、第16-1條、第19條、第20條、第21條、第24條、第32-1～33條、第39條、第40條、第43條；並增訂第14-3條、第19-1條、第40-1條、第40-2條。
• 於2016年臺灣國際漁業展設置「臺灣館」。
• 舉辦「AARDO精進農業生產系統與價值鏈管理」專家來臺研習計畫。
• 派員赴葡萄牙出席「ICCAT第20屆特別會議」。
• 舉辦「農業科技產業發展策略分析—亮點產業國際市場商機研討會」。
• 本會漁業署漁業廣播電臺製播之「海岸最前線—海洋保育系列報導」，榮獲財團法人卓越新聞獎基金會辦理之2016年第15屆卓越新聞獎－廣播類「專題新聞獎」。
• 舉行「農業生物科技成果產業化應用與輔導計畫—農業生技產業3年有成」研發成果經驗分享發表會。
• 黃副主任委員金城率團赴越南出席「第10屆臺越農漁業合作會議」。
• 本會水保局榮獲內政部「TGOS加盟貢獻獎」。
• 舉辦「AARDO漁業技術暨產業交流研習營」。
• 召開「2016第2屆亞洲四健網絡會議」。
• 本會林務局成為國際里山倡議夥伴關係網絡（IPSI）會員。
• 阿里山國家森林遊樂區獲財政部第14屆民間參與公共建設金擘獎—政府機關團隊獎、民間經營團隊獎之優等獎。
• 檜意森活村獲頒國有公用財產活化運用績效評比公務預算機關組第一名。
• 派員赴摩洛哥出席「聯合國氣候變化綱要公約第22次締約國大會暨京都議定書第12次締約國（COP22/CMP12）會議」。

12 月

• 與日本交流協會合辦「臺日貿易間蔬果安全性及通路資訊交流座談會」。
• 修正發布「農業事業廢棄物再利用管理辦法」修正發布第4條及附表1、附表3；並刪除第15條。
• 舉辦「2016米穀雜糧精品展銷會」。
• 本會輔導之「台灣國際農業開發（股）公司」正式成立運作。
• 派員赴日本舉辦「臺灣優質水產推廣暨品嚐會」。
• 派員赴斐濟出席「WCPFC第13屆年會」。
• 訂定發布「百香果種苗病害驗證作業須知」。
• 舉辦「第26屆優秀農業人員頒獎表揚活動」。
• 舉行「校犬績優校園徵選活動」頒獎典禮。
• 行政院通過本會所提「新農業創新推動方案」。
• 公告修正「動物及動物產品輸入檢疫條件」第7點及附件3之14「自法國輸入山羊體內胚之檢疫條件」。
• 舉行「2016科技農企業菁創獎頒獎典禮」。
• 舉行「2016年產銷履歷成果發表會」。
• 訂定發布「獸醫師執業登記及繼續教育辦法」。
• 本會水保局以「水土保持導入生態保育計畫」榮獲行政院國家永續發展委員會「國家永續發展獎」。
• 舉辦「2016年全國農業行政首長第2次座談會」。
• 本會水保局「大溪溪鐵路橋上游治理2期工程」、「東西坑溪崩塌地及野溪治理5期工程」及林務局「香林橋下游野溪整治工程」榮獲「第16屆公共工程金質獎」水利類優等；林務局「橫流溪野溪下游整治工程」榮獲水利類佳作；「湖西南寮社區周邊環境改善工程」及「富興社區平地造林園區休憩空間營造3期工程」獲得土木類佳作。
• 舉辦「花東冬季農遊路線發表會暨旅遊業媒合會」。
• 與印度簽署遺產鐵路合作意向書，阿里山森林鐵路登錄世界文化遺產邁出一大步。
• 舉辦「2016護生與環境永續論壇」。
• 曹前主任委員啟鴻宣布2017年起林業合作社購置林業機具及申請產銷履歷驗證等，可申請1/2費用補助，上限為300萬元。
• 紀錄片《無盡藏。哈崙時代》獲美國最佳電影短片競賽—紀錄短片優異特別獎。
• 派員赴墨西哥出席「生物多樣性公約第13屆締方大會」。
• 舉行「2016年優良農建工程獎頒獎典禮」。