（一）加強禽流感防疫

　　持續辦理畜禽場、屠宰場、寵物鳥及候（野）鳥禽流感主動監測5萬8,123件，撲殺確診禽場182例、171萬2,530隻家禽。2月因應H5N6亞型高病原性禽流感疫情成立跨部會「禽流感中央災害緊急應變中心」，並透過提高主動通報撲殺補償至80％、實施7日家禽禁運禁宰及鴨隻上市應檢附檢驗報告等措施，至3月12日止控制H5N6禽場案例於12場，7月24日正式向世界動物衛生組織（OIE）通報結案。

　　另2017年起與衛生福利部疾病管制署合作成立「禽流感防控研究中心」，藉由監控濕地空氣及禽畜相關從業人員暴露與感染情形，達早期預警之效。另持續強化生物安全防疫措施，結構性調整及輔導產業轉為高生物安全之新式生產系統，至2017年底，累計補助家禽場新（改）建非開放式示範禽舍152場，辦理現場輔導265場次。

（二）加強狂犬病防疫

　　2017年監測犬貓及野生動物891件，有70例鼬獾確診感染狂犬病，累計發生地區為9縣市79鄉鎮。2017年持續推動犬、貓狂犬病疫苗注射以建立保護帶。為達成注射率70％之目標，2017年補強70萬4,677劑，未施打疫苗者，處3-15萬元罰鍰，裁罰46件。為降低狂犬病散播至犬、貓之風險，進行縣市狂犬病績效評核、強化犬貓源頭管理、衛教與宣導、疫苗整備、人員訓練，研究開發鼬獾口服疫苗以達成控制狂犬病目標。

（三）加強口蹄疫防疫

　　2017年5月25日OIE第85屆年會正式認定我國臺灣本島、澎湖地區及馬祖地區為施打疫苗之口蹄疫非疫區，但口蹄疫防疫工作仍持續與地方政府及產業團體合作，凝聚共識，積極推動口蹄疫疫苗注射工作，使國內偶蹄類動物口蹄疫疫苗注射率達到90％以上，免疫覆蓋率達80％以上，同時加強運輸車輛消毒、血清學監測及強化牧場生物安全等防疫工作。另為2018年7月1日實施停止施打口蹄疫疫苗做準備，2017年7月1日起已進行口蹄疫疫苗購買管控。

（四）加強豬瘟防疫

　　為兼顧豬瘟防疫及維護動物福利，積極調整豬瘟疫苗生產及使用方式，規劃5年內輔導生產兔化豬瘟疫苗之廠商轉型生產兔化豬瘟組織培養疫苗，並配合修正相關規定，預計110年公告自111年1月1日起兔化豬瘟疫苗停止使用。

（五）落實有害生物監測、預警與防治

　　進行水稻稻熱病等13種重大植物有害生物監測5,732件，發布預警及警報66次。針對蘋果蠹蛾、桃蛀果蛾2種鱗翅目害蟲及地中海果實蠅等18種果實蠅類採定點偵察，6種重要檢疫線蟲與西方花薊馬為不定點偵察；至2017年底未發現前揭高風險檢疫有害生物。在農業栽培重點區域設置2種果實蠅及3種夜蛾類等常見蔬果害蟲監測點，定期發布疫情旬報36期。另於外銷蘭園區設置斜紋夜蛾性費洛蒙陷阱700個以及時管控疫情，做為出口蘭花害蟲疫情資料佐證。

（六）嚴防國外重要疫病蟲害入侵

　　因應國際疫情修訂動植物及其產品輸入檢疫規定；執行動物及其產品檢疫17萬182批次、植物及其產品檢疫21萬3,962批次。47組檢疫犬組偵測查獲違規農產品逾5.68萬件、68公噸。銷毀走私活禽鳥371隻、受精蛋474枚、畜禽產品1.8公噸。

　　另赴韓（奇異果）、泰（山竹）、義及波蘭（蘋果）執行檢疫殺蟲處理認證及產地查證；執行年度產地檢疫，包括美、加、澳、紐、德及南非等蘋果、日韓桃蛀果蛾寄主鮮果實、泰國檳榔、越南紅龍果、宏都拉斯甜瓜、中國大陸及日本梨接穗、荷蘭及智利百合種球、荷蘭火鶴花苗與澳大利亞胡蘿蔔。另赴法、美、義、英、日、丹麥及宏都拉斯執行肉品查核。