面對氣候變遷、淨零排放等環境生態重大議題，在農業調適策略上，有機農業為關鍵角色，本會遵循有機農業促進法立法理念，持續辦理有機農業獎勵與補貼、有機驗證及檢驗費補助、農機具加工設備及溫網室補助、有機農業適用肥料補助等輔導措施，至2022年底止受益農友達7,255戶。行銷方面，輔導賣場通路設置有機農產品專櫃205處、有機農民市集18處、有機農場電子商店112家，及獎勵餐飲業者擴大使用國產有機食材，包含「有機之心美食餐廳」、「綠色餐廳」及「溯源餐廳」等三大安心食材餐廳300多家參與，另學校午餐部分計21個直轄市、縣（市）3,017所中小學校162萬名學生午餐採用有機食材，每週供應量248公噸以上，透過多元型態擴大有機食材消費並帶動有機農業成長。

截至2022年底止，可執行有機驗證之驗證機構共17家，其中4家可執行境外驗證業務，另通過本會審認之友善環境耕作推廣團體共46家。國內有機驗證面積1萬3,545公頃、友善環境耕作登錄面積5,863公頃，合計1萬9,408公頃，占國內耕地面積比2.45％。全年可減少化學肥料使用量2萬3,000公噸及農藥250公噸以上，減排溫室氣體3萬7,700公噸二氧化碳當量。

我國與紐西蘭、澳洲、日本、美國、加拿大、印度等國家已簽署雙邊有機同等性協議，代表臺灣有機農業規範已與世界接軌，在有機農業議題及有機農產品貿易上可促進國際合作交流，迄2022年底止有機農產品出口量達60.9公噸。