(一)因應非洲豬瘟防疫
　　自2018年8月3日中國大陸通報非洲豬瘟感染首例以來，迄2023年止亞洲已有18國發生疫情，東亞地區僅我國與日本仍維持非疫區。「境外阻絕、境內防範」為我國防範非洲豬瘟入侵之主軸，境外阻絕部分，本部持續與各邊境機關協同合作，針對入境旅客行李、貨物、快遞及郵寄貨物、網路電商平臺及走私漁船等可能傳入疫病之管道，加強查察及各項宣導工作。境內防範部分，成立非洲豬瘟中央災害應變中心協同各縣市政府，就疫情發生時各項情境進行模擬演練，並建立早期預警措施，畜牧場訪視及防疫宣導、推動家畜健康聲明書、強化屠宰衛生檢查及輔導廚餘養豬場轉型等重要措施。
　　為於疫情發生時即時監控管制畜牧場豬隻移動，於活豬與豬隻屠體、內臟及其分切物之運輸車輛強制規定裝置GPS系統並積極辦理查核，即時追蹤活豬與屠體流向。另透過跨部會合作，於2020年2月已建置完成行政院環境保護署資訊系統中化製車GPS相關資訊介接至本部GPS整合資訊平臺，共享化製車GPS資訊資源，完成建構載運「活豬、豬屠體及死豬」之運輸車輛GPS完整監控體系。
(二)清除傳統豬瘟及羊痘
　　為達成豬瘟非疫國之目標，採三階段期程執行方式推動，現為第二階段（2023年至2024年6月，停止施打豬瘟疫苗評估及疫情監控階段）。依各項監測工作均符合預期結果，已於2023年7月1日起豬隻全面停止注射豬瘟疫苗，並持續進行相關監控，截至2023年12月31日止，未檢出或發現環境中有豬瘟病毒活動，預定2024年向世界動物衛生組織（WOAH）申請為豬瘟非疫國，倘一切順利，可望於2025年間獲得WOAH認可為豬瘟非疫國。
　　我國自2012年2月5日通報最後一例羊痘案例後，未再發現案例，疫情狀況符合WOAH陸生動物健康法典所列羊痘非疫國要件。經盤點疾病監測、預警及持續防疫規劃、儲備疫苗、緊急應變計畫等配套方案，並經專家會議研判田間無羊痘病毒活動跡象，本部於2023年9月15日向WOAH自主聲明，同年12月19日獲WOAH認同並刊出於其網頁。 
(三)加強禽流感防疫
　　2023年國際高病原性家禽流行性感冒（下稱禽流感）疫情持續嚴峻，專家認為候（野）鳥遷徙是造成病毒跨境傳播主因，禽流感好發季節為每年10月至翌年3月止，因此本部提前於9月1日起實施秋冬強化措施，以利發揮疫病先期預警成效；本部動植物防疫檢疫署邀集野鳥專家，自11月9日起每週召開會議，分析及研判禽流感高風險候鳥來臺度冬現況及主群可能來臺時程，適時發布新聞稿，供業者加強防疫。除年度例行性監測工作外，持續精進疫情掌握措施：就化製數量異常禽場，由所在地動物防疫機關回溯調查該禽場情形；透過禽場外圍環境監測措施，環境樣本陽性者立即回溯採樣確認，以利及時採取必要之處置措施。2023年確診案例數計50例，撲殺家禽約88萬隻，我國案例數連續4年皆於60例以下，與國際疫情比較相對穩定，疫情呈現穩定控制趨勢。
(四)落實有害生物監測、預警與防治
　　辦理水稻稻熱病、東方果實蠅、銀葉粉蝨等重要疫病蟲害監測調查，共計8萬4,554件，依據監測結果透過植物疫情通報系統及田邊好幫手即時發布疫情預警計191次，提醒農友及早防範疫病蟲害，降低農作損失。
　　於秋行軍蟲高風險寄主作物產區執行監測調查，依作物生長期或害蟲族群密度發布疫情預警。另辦理大專業農宣導講習，提升農戶自主管理能力，掌握防治時機，計辦理70場次，共3,912人次參與。
　　推動農業區荔枝椿象區域整合防治，包括釋放天敵平腹小蜂750萬隻、辦理講習觀摩會49場，辦理化學防治面積6,668公頃，並訂定高屏、嘉南、中彰投雲及苗等4區化學共同防治期，加強跨縣市合作聯防及相關部會同步推動。2023年整體防控良好，無重大危害，穩定相關作物生產。
　　本部農業試驗所針對重要蟲害如果瓜實蠅、夜蛾類、秋行軍蟲、薊馬類、粉蝨、蚜蟲、番茄潛旋蛾、荔枝椿象、積穀害蟲等進行長期監測與預警工作，2023年因應本島擴大高粱契作專案，增設秋行軍蟲監測鄉鎮13處，除供疫情分析，亦以旬報方式提供農民田間管理與蟲害管理決策參考；於番茄植株檢出重要檢疫病原番茄細菌性潰瘍病菌，並加強追蹤、檢驗及管制；透過監測稻熱病菌群得知，氣候暖化造成嗜高溫性稻熱病菌成為主要菌群，造成春季發病時間提前，且第二期稻作首見稻熱病。另針對中部地區百香果疫病，考量其好發於夏秋季連續60小時以上陰雨天候，且雨後防治效果有限，經宣導應於氣象預報發布連續降雨之前中後期，施用正式推薦藥劑，大幅降低疫病發生。
(五)嚴防國外重要疫病蟲害入侵
　　為防範境外重大動物傳染病（非洲豬瘟、口蹄疫及高病原性家禽流行性感冒）藉由走私入侵，本部動植物防疫檢疫署依據「走私進口農產品處理要點」規定，對於查緝機關緝獲、沒入，或檢察官沒收之活動物及畜產品，進行應施動物檢疫物之判定，並依「走私動物及其產品處理作業程序」補助金門縣政府、澎湖縣政府及連江縣政府儘速辦理私貨提領及銷毀工作，減少疫病傳播之風險，俾維護國內動物健康，保障農畜生產環境安全。2023年度銷燬處理緝獲走私之肉類產品21萬1,979.5公斤（豬產品4,224公斤、牛內臟產品14萬7,966.5公斤、羊內臟產品4萬5,501公斤、禽產品1萬4,288公斤）。
　　因應國際疫情修訂動植物及其產品輸入檢疫規定，執行輸入植物及其產品檢疫21萬2,000批次，動物輸入及其產品檢疫20萬1,719批次。56組檢疫犬組於邊境偵測查獲違規農畜產品逾13,341件，重量逾6公噸958公斤，即時阻絕有害生物傳入。
　　2023年派員赴輸出國執行輸出檢疫處理及產地查證，包括泰國檳榔及山竹，日、韓桃蛀果蛾寄主鮮果實，以及澳、紐、智利、南非、波及義等國蘋果，韓國奇異果等，赴日本執行梨接穗夏季及冬季產地檢疫、荷蘭穿孔線蟲非疫生產點產火鶴花苗、智利產百合種球以及赴美國執行威斯康辛州新鮮西洋參產地查證，確認輸出國落實相關有害生物管理措施，降低入侵風險。
　　辦理進口花卉蔬果種苗重要病毒監測與診斷鑑定，花卉部分監測進口百合種球之檢疫病毒PlAMV與ArMV合計45件，均未檢出PlAMV病毒。另檢測11批茄科種子，檢出PCFVd、PSTVd及 TYLCV，防堵重要檢疫病毒及類病毒入侵國內。於金門地區進行光肩星天牛、馬鈴薯蠹蛾及非洲行軍蟲等入侵高風險害蟲偵查調查，均未偵獲。另針對進口農產品查獲作物害蟲共計1,196件（介殼蟲1,137件、鞘翅目59件），並利用解剖顯微鏡及光學顯微鏡等影像儀器鑑定重要防檢疫害蟲，如杉刺圓盾介殼蟲（Oceanaspidiotus spinosus）。