(一)強化農藥管理
　　持續推動化學農藥風險十年減半政策，強化作物有害生物整合管理（IPM）並鼓勵友善農業， 2023年執行成果如下：
● 推廣IPM：建立高農藥殘留風險、地區特色作物IPM操作指引（累計28項作物），示範推廣面積2,500公頃，示範區內約減少29％農藥使用量；辦理7種作物IPM獎勵，  依完成IPM檢核項目的比例（60％／80％）給予差異化獎勵，申請農民99.27％瞭解IPM，顯示近年持續推廣，農民已逐漸瞭解IPM；加速開發生物性防治資材與辦理生物農藥及免登記植物保護資材補貼，推廣生物農藥5,959公頃及免登記植物保護資材1萬5,262公頃，提升國內農業生產技術與農產品食用安全，邁向永續農業。
● 推動農藥代噴制度：因應農事勞動需求，並考量農藥代噴業者農藥暴露風險高，自2000年起，推動代噴農藥限由專業訓練合格農藥代噴技術人員操作，至2023年，已完成3,637名農藥代噴技術人員訓練，登記代噴業者計781人。2023年辦理9梯次共同科目、18梯次專業科目訓練，專業科目579人參訓，累計555人取得農藥代噴技術人員證書。
● 汰除高風險農藥：參考歐盟農藥風險調和指標（Harmonized Risk Indicator, HRI）分級基礎並納入我國高危害性農藥（HHP）辨識條件，初步建立我國農藥風險指標，未來將據以辦理風險評估（包含暴露評估及研議風險減輕措施），持續參考國外之科學證據及行政管制措施，滾動式檢討並精進我國農藥管理策略。依前開評估結果公告陶斯松禁用事宜，2022年4月15日起禁止輸入及製造，自2022年11月15日起禁止加工與分裝，自2024年4月1日起禁止輸出、販賣及使用。同時啟動陶斯松回收及去化計畫，於2023年完成陶斯松原體244公噸之銷毀，有效減少大量陶斯松成品流入市面，減低農藥使用風險。
● 精進推動植物醫師制度：擴大服務場域，2023年合計聘用100位儲備植物醫師進駐基層農會及鄉（鎮、市、區）公所，提供專業診療服務，協力推動作物有害生物整合管理，其中作物診斷鑑定及診療服務達8,000件，辦理農民組訓與教育訓練達160場次，強化專業人才培訓及政策面宣導，辦理全國儲備植醫教育訓練3場及宣導露出28件；另持續完備法制架構，法案經行政院於2022年4月審查完竣，名稱修正為「植物醫師法」，後經跨域溝通， 採用「植物診療師法」為草案名稱。
　　精進非化學農藥資材與技術3式（特殊光譜燈照防治荔枝細蛾、亞磷酸防治酪梨根腐病、草蛉防治小型害蟲），防治率60％以上；篩選可提升植物免疫功能性微生物5株，降低發病率25％以上；推廣5項健康種苗及10家場域應用（百香果3家、柑橘2家、甘藷2家、青蔥2家、草莓1家），健康種苗生產16萬株，推廣栽培面積約20公頃，降低病害發生率10.00％。辦理作物有害生物整合管理（IPM）相關技術研發與示範推廣，並搭配經濟、合理及安全地使用農藥及其他安全性防治資材，並且結合儲備植物醫師共同參與。已完成9處百香果、10處木瓜示範園，輔導農友平均化學農藥使用減量44.00％，技術熟捻農友可100％不使用化學合成農藥。青蔥部分，施用培丹（殺卵）、因得克、剋安勃（殺幼蟲），並搭配蘇力菌、核多角體病毒等生物農藥及脂肪酸鉀鹽等植保資材防治幼蟲，防治成效明顯，田區蔥管被害率在30％以下。已於宜蘭三星設置青蔥IPM示範園2處，化學農藥減少25.00％。評估示範場域之經濟效益結果顯示，百香果鮮果宅配標準之IPM組銷售量約80～90％，高於慣行組之40～50％；為強化IPM技術推廣，另辦理3場次講習或示範推廣活動，受益農民225位以上，並推動病蟲害診斷鑑定及管理諮詢，輔導農戶已超過1,125件次。
(二)加強動物用藥品管理
　　2023年計查核動物用藥品製造、販賣及使用處所5,064場次，裁罰違法案件63件，裁罰金額674萬元。另聯合司法機關查緝非法動物用藥品3場次，檢驗疑似動物用偽藥、禁藥86項次，另動物用偽藥、禁藥案件移送司法機關偵辦75件。
　　核發動物用藥品製造、輸入許可證計120張，另查核動物用藥品製造廠28場次，抽驗市售動物用藥品405項次，合格率98.77％。
　　於養畜禽場與肉品市場進行用藥監測，抽驗2萬8,335件，合格率為99.93％。對於查獲違反用藥規定者，由地方政府依法查處並追蹤輔導改善。
　　根據世界動物衛生組織（WOAH）抗藥性監測建議進行國內畜禽腸道指標菌大腸桿菌與腸球菌藥物敏感性試驗。2012年至2023年畜禽抗藥性監測結果，大腸桿菌對WOAH極度重要之動物用抗菌劑畜福（Ceftiofur）、恩氟奎林羧酸（Enrofloxacin）、康黴素（Kanamycin）及羥四環黴素（Oxytetracycline）抗藥性均呈現下降趨勢；而腸球菌對安默西林（Amoxicillin）、 Ceftiofur、Enrofloxacin及Oxytetracycline抗藥性呈現下降或持平趨勢。另萬古黴素（Vancomycin）為人類治療腸球菌感染極度重要抗菌劑，畜禽並未核准使用，2022年至2023年畜禽分離腸球菌對萬古黴素抗藥性監測結果，抗藥性均為0％。
(三)加強農產品安全品質監測與管制
　　針對高風險、高違規及高關注農產品，滾動調整抽驗品項與頻率。2023年於生產端辦理農產品農藥殘留檢驗2萬366件，合格率97.39％。其中蔬果抽驗1萬4,075件，合格率96.60％；茶葉抽驗3,045件，合格率99.24％；稻米抽驗3,246件，合格率99.08％；抽檢未上市水產品3,095件，合格率99.20％；批發魚市場水產品抽檢1萬9,603件，合格率99.90％；對於未符合檢驗標準者，均管制農民不得販售，並移請地方政府依相關規定裁處並加強列管輔導及改進。
　　抽驗高污染潛勢農地上食用作物重金屬含量536件，超過食品安全衛生管理法所定穀類或蔬果植物類重金屬限量標準者18件，均已立即剷除銷毀，未流入市面，並通報環保機關查證土壤污染情形及追查阻斷污染源。該等農地續由地方政府輔導休耕、轉作非食用作物或配合低鎘鉛等吸收作物（品種）與農藝管理方式降低鎘、鉛、無機砷等污染風險。
　　為提升批發市場進場農產品安全，輔導臺北市、新北市、桃園市、臺中市、高雄市及嘉義市之果菜市場購置高精密度質譜儀，快速精準檢驗出目前臺灣常見之農藥，不合格農產品當場銷毀並追溯源頭停止供貨，以維護消費者食安。
(四)強化畜禽屠宰衛生檢查制度
　　依畜牧法辦理家畜禽屠宰場設立及變更登記，全國既設屠宰場174場，其中56場為家畜屠宰場、117場為家禽屠宰場及1場畜禽屠宰場。為維護國產肉品衛生安全，委託財團法人中央畜產會招聘經訓練合格之屠宰衛生檢查人員655名，在本部動植物防疫檢疫署及所屬分署監督下，至前揭屠宰場執行屠宰衛生檢查，2023年共檢查家畜756萬餘頭，家禽3億7,912萬餘隻。督導地方政府積極執行違法屠宰查緝工作，且於每年重要節日（春節、端午、中秋）前辦理全國查緝及不預警查核，2023年計查緝1,760場次，查獲違法屠宰28件，銷毀家畜1頭、家禽405隻。
(五)推動各項農產品溯源資訊登錄及標示制度
　　各項農產品溯源及標示制度均係結合資通訊科技揭露生產者資訊，消費者利用行動載具掃描所標示二維條碼或上網至各屬系統以輸入追溯編號等方式查詢，即可得知農產品經營業者、產地來源、飼養場、屠宰場、產品資訊、農藥或動物用藥殘留檢驗結果等資訊，可滿足消費者即時查詢之需求，提高國產與進口農產品之辨識度。
　　截至2023年底推動情形，國產生鮮豬肉可追溯率達92.00％、國產雞蛋具可追溯覆蓋率達100％、國產禽肉具可追溯覆蓋率達87.00％、國產牛肉追溯資訊系統進行銷號除籍與屠宰頭數之勾稽比對達100％、農糧產品追溯面積達8萬2,674公頃、水產品生產追溯查詢系統已輔導5,698家加入，期能提升國人對國產農漁畜禽產品認同，並促進在地生產及在地消費。
(六)推動消費者可信任標章
　　本部為增進消費者辨識安全農產品，依法推動有機農產品、產銷履歷農產品及優良農產品3種驗證制度，並持續透過各項措施增進消費者對標章之瞭解及信任。
　　有機農產品驗證制度方面，2023年有機友善生產面積達2萬4,114公頃，較2022年成長24.25％，並導入「TAIWAN ORGANIC」有機農產品標章，增進消費者信賴並提高標章辨識度；為落實有機農產品品質及標示管控，針對有機產品辦理標示檢查及品質檢驗5,932件，合格率達99.09％，以強化消費者對有機產品之信賴。
　　產銷履歷農產品驗證制度方面，2023年驗證家數計6,156家，生產面積達9萬8,586公頃，較2022年成長19.84％；為提升產銷履歷農產品管理強度，2023年3月24日公告修正「產銷履歷農產品驗證基準」；並透過農民市集、履歷達人選拔等活動增進消費者對產銷履歷標章的認識與認同。
　　優良農產品（CAS）驗證制度方面，2023年驗證家數計258家，產量90萬5,000公噸，產值達773億元，確保通過驗證的農產品之品質及安全。於6月辦理「CAS 35 週年台灣優良農產品標章績優廠商頒獎典禮」，頒發獎座予58家廠商，帶動擴大使用在地農產食材，促進國產農產品多元加工加值發展；9月舉辦「花甲樂食農村送暖發布會」，由綠色照顧站關懷訪視將節慶禮袋送至偏鄉農村長者，提升其營養攝取，總計超過8,000人次受惠。