畜牧產業施政重點為結合產製銷體系，建立統合經營模式，及生產高品質、衛生、安全的國產畜產品，並建立如「台灣珍豬」、「自然豬」、「國產優良黑毛豬肉」、「台灣土雞」、「ＣＡＳ生鮮蛋品」、「優質鵝肉」等品牌，以區隔進口產品，建立消費者對國產品之信心；另亦加強飼料品質管理及落實畜牧場登記；並推動畜牧場減廢、污染防治及資源再利用等。此外，為增進動物福利及落實動物保護法，亦加強推動多項寵物、實驗動物及經濟動物之人道管理措施。

(一)加強畜牧場登記及管理

　　91 年完成畜牧場登記場數 666 場，累計完成畜牧場登記場數已達 14,301 場。建置申請停業畜牧場資料及復業申請書表於本會中部辦公室網頁，俾利畜牧業者及縣市政府人員使用。

(二)強化飼料管理

　　核發飼料暨飼料添加物製造登記證 125 張、輸入登記證 58 張，合計183 張。抽驗飼料一般成分及有害物質計 779 件，另抽驗飼料中藥物含量計1,763件，檢驗結果不符合規定者計 162 件，已由權責機關依法查處。監控進口飼料玉米計 425 件，其中黃麴毒素含量不符國家標準者 2 件，已輔導改善。另監測進口飼料中戴奧辛含量計 21 件。

　　教育訓練與宣導方面，辦理 2 期飼料鏡檢訓練班、 4 場飼料衛生安全宣導講習會、 1 場飼料廠危害分析重要管制點（ＨＡＣＣＰ）講習會，加強廠商飼料原料純度鑑定能力，防範藥物殘留，維護飼料品質。輔導飼料廠強化自家品管制度計 80 廠次，宣導飼料管理法規、用藥安全及配製飼料等應注意事項。

(三)辦理家畜保險業務

　　辦理家畜保險之承保農會 200 單位，再保農會 22 單位，合計 222 單位；保險家畜頭數為乳牛 14,193 頭、乳羊 80 頭、豬隻運輸保險 1,814,652 頭及肉羊運輸保險 778 頭，合計 1,829,703 頭；保費總收入 5,059 餘萬元，死亡理賠總計 3,168 餘萬元。

(一)推動畜禽統合經營制度

　　輔導養豬農民團體辦理統合經營(垂直整合)及策略聯盟(水平整合)，結合產、製、銷一體之行銷網路，設立統合經營或策略聯盟經營模式。 91 年計輔導 16 處統合經營示範區及輔導 38 處養豬生產資材共同採購示範區，辦理養豬生產資材共同採購，計玉米 132,618 公噸、黃豆 44,269 公噸及其他生產資材 1,907 公噸等養豬生產資材，有效穩定生產資材價格及降低養豬生產成本。另輔導相關飼料、種豬、屠宰、加工及銷售業者，以策略聯盟及統合經營方式建立「台灣珍豬」、「自然豬」、「網室健康豬肉」、「國產優良黑毛豬肉」等國產豬肉品牌，並推動「優良養豬場認證」及「台灣珍豬豬場認證」制度，配合技術諮詢服務體系予以輔導改善，以提昇養豬戶之生產效率及豬肉品質。此外，持續推動乳品工廠與酪農辦理契約供銷之衛星牧場制度，以穩定產、製、銷體系。

　　家禽產業方面，白肉雞產業係以飼料廠或電宰場為統合主體，與養雞戶採取契約養殖，進而逐步推動肉雞電動屠宰及屠體運銷，自 79 年起推動，截至 91 年度為止，統合數量約達白肉雞總量之 90 %以上，已使白肉雞產業結構逐步現代化，成效最為卓著。優質鵝肉則以屠宰場為中心，向上解決肉鵝產期調節及生產效率，促進產地價格合理化；向下開發肉鵝專用載具、改善屠宰分切技術及拓展行銷通路，以提昇肉鵝生產全流程之品質；未來將開發各類分切鵝肉及加工品，以期順利進入家庭消費或高級餐廳利用。

(二)輔導畜禽產業自主管理

　　基於「輔導生產者組織產業團體，由產業自主管理產業問題，並由全體業者共同分享利潤與分擔風險」之理念，本會輔導養豬團體與養豬產銷班組織之橫向與縱向整合，以發揮團體力量，落實其自主性。並辦理養豬團體幹部共識營 2 場，以推動養豬團體及產銷班企業經營理念與作法，培訓基層養豬經營、組織人才，提升養豬經營效率。另協調財團法人中央畜產會及養豬產業團體規劃自 92 年 1 月 1 日起開始收取養豬產業服務費用，俾供於產銷失衡時輔導養豬產業以此經費採取各項穩定價格措施。

　　協助財團法人中央畜產會完成乳品廠與酪農之乳價協商，並委由中華民國乳業協會賡續辦理乳牛群性能改良及327 場乳牛牧場評鑑工作，以提升經營績效。另獎勵廠農辦理生乳產銷調節，以減少冬期剩餘乳壓力，並輔導 4 處肉品市場改善牛、羊屠宰場，以確保消費者權益及提昇國產牛、羊肉衛生安全品質。此外，輔導中華民國養羊協會辦理鮮羊乳標章，穩定羊乳供銷。

　　輔導中華民國養雞協會、中華民國養鴨協會及臺灣省養鵝協會等產業團體，辦理產業垂直統合經營、畜牧政令推動、種肉禽場產銷協調、分業分責分享理念落實及策略聯盟等教育訓練活動，並提供業者國際畜牧新知與經濟作業模式等觀念，共計 50 餘場次。

(三)建立畜禽產銷資訊體系

　　為因應我國加入ＷＴＯ後之可能衝擊，本會已輔導產業團體建立「養豬產銷資訊庫」及「養豬產銷預警系統」，蒐集及研析國內外產銷資訊，定期發布產銷資訊。此外，研擬「毛豬產銷失衡預擬狀況處置表」，針對不同毛豬拍賣價格，採取相關穩定豬價之因應措施。 91 年為加強豬源供銷調配，除針對辦理登記之 15,000 頭種母豬進行淘汰工作外，另邀集產銷雙方及各肉品市場等單位，召開 12 次毛豬供銷調配會議及 7 次協商豬隻產銷穩定事宜會議，並辦理國產豬肉促銷活動，以穩定毛豬價格。

　　輔導乳牛產銷班 77 班，每月協助蒐集產銷資訊。另規劃完成「酪農財務管理電腦系統」，提供經營實務管理之參考資訊，並辦理乳牛群性能改良(ＤＨＩ)工作，建立乳牛群生產力資訊，作為國內乳牛育種及品種改良之參考依據。鹿產品方面，為掌握國產及進口鹿產品之流通資訊，除辦理國內外鹿產品之市場調查研究及發展規劃外，並建置即時性產銷資訊電子化系統。

　　白肉雞、土雞、雞蛋、肉鵝、土番鴨及鴨蛋方面，透過產業團體產銷督導委員會，每日傳輸交易行情及產銷動態，可供業者據以擬定生產計畫，以穩定供需及市場價格。並輔導設立養雞產業策略聯盟服務處計 6 處，實地調查統計養雞戶及各場生產資料，以了解養雞戶數及掌握雞隻生產量，穩定禽品供需。 91 年各項家禽產品之市場價格，除番鴨(紅面鴨)略有供需失衡現象外，其餘價格尚稱穩定。

(一)強化畜牧污染防治管理工作

　　輔導養雞團體會同專家、學者針對養雞場污染問題，實地拜訪各農戶，已解決其問題且具實效的養雞場共計 57 戶。輔導養豬產業團體協助辦理廢水處理設施定期功能檢查共計 1,500 件，辦理設施故障申報與零件維修共計 250 件。此外，辦理宣導教育 12 場，共約 600 人參加。輔導地方政府與當地環工、農機及畜產等機關合作，分別於新竹、苗栗、彰化、雲林、台南、高雄、屏東、宜蘭及花蓮等縣成立10 個技術服務團，針對各縣市所提報農戶名冊及配合本會畜產試驗所之推廣系統，給予適時輔導協助， 91 年計協助 500 戶。

　　配合行政院核定之「河川污染預防及環保犯罪防治方案」，協助雲林、台南、高雄、屏東等縣政府在重要之河川流域，每月進行水質監測 1 次，並查訪相關養豬農戶共 800 戶，以源頭管理與減廢方式降低對河川之污染。另對曾文水庫放山雞污染部分，設置示範廢水回收緩衝帶 2 處，有效改善對水源之污染達80％以上。

　　此外，辦理基層行政人員與產業團體意見領袖講習會 3 場，畜牧事業廢棄物網路申報講習會 3 場。

(二)加強畜牧場減廢與資源再利用

　　於彰化、雲林、嘉義、台南、高雄及屏東等畜牧業分布較為密集之縣市，輔導示範豬場設置廢水循環再利用節水設施，共計 44 場。已處理之養豬場廢水，可回收循環再利用，對豬隻生產並無影響，且具有節水效果。各養豬場依循環次數，每頭豬每日可減少用水量約 12 公升至 20 公升，惟需注意可能有「化學需氧量」（ＣＯＤ）累加問題。

　　輔導本會畜產試驗所之推廣系統與各地輔導體系合作，針對全台24 戶養豬場之污染防治設施，予以輔導改善，同時定期監測及蒐集放流水水質相關資料，以提供與環保署協商時修正養豬業各項目放流水標準之科學依據。

　　為妥善處理禽畜排泄物及協助推廣禽畜糞有機肥，委託國立中興大學抽檢禽畜糞堆肥成品，檢測項目包括肥料主成分、有害成分及其它重金屬（鎘、鉻、鎳、鉛、砷）等，計抽測 143 場次；對檢測數值偏高者，進行逆行追蹤，檢測其原料成分，以協助禽畜糞堆肥場提升自家品管能力。另辦理禽畜糞堆肥場現場評鑑 41 場次，並公開頒獎表揚評鑑為優等及甲等之堆肥場 35 家。此外，辦理禽畜糞堆肥場產品推廣促銷展示會 31 場次及堆肥場設施改善 9 場，以提升禽畜糞堆肥場經營效率。

(一)落實寵物登記管理系統

　　依據「寵物登記管理辦法」，飼主應於犬隻出生日起 4 個月內為飼養犬隻辦理寵物登記，以落實飼主責任，建立寵物終身照顧觀念，杜絕棄犬行為。已於 89 年建置寵物登記管理網路系統，利用電子化作業迅速完成登記程序，並於全國廣設近 900 家寵物登記站，以便利民眾申辦。 91 年辦理寵物登記 20,919 隻，截至 91 年底，寵物登記數已達 534,585 隻。

　　另輔導縣市政府推動犬隻寵物登記稽查作業，於轄區民眾出入頻繁之公共場所加強辦理。為落實寵物登記管理制度，修訂「寵物登記管理及營利性寵物繁殖買賣或寄養業管理收費標準」部分條文，針對特定寵物減免寵物登記費：民眾至動物收容所認養之寵物、登記有案之動物保護團體所屬收容處所飼養之寵物，已絕育之寵物免收登記費，未絕育之寵物登記費 100 元；領有政府核發之寵物業許可證的繁殖業者，其所飼養之繁殖用寵物，寵物登記費降為 250 元。

(二)建立寵物業管理制度

　　為規範犬隻販賣營利行為，減少不當繁殖犬隻所衍生之流浪犬問題，依據「寵物業管理辦法」，凡經營犬隻繁殖、買賣及寄養之業者應於 91 年 7 月 19 日前申領寵物業許可證。為宣導相關法令規定，輔導相關寵物協會、同業公會及各縣市政府，針對轄區業者辦理相關宣導說明會計 6 場次，並召開檢討會議 1 場次，以與各縣市政府溝通協調以確立業者申辦程序。 91 年計核發 472 張，截至 91 年底，全台累計發證 570 張，合法業者名單並公布本會動物保護網站，可提供民眾查詢。

　　為落實前揭寵物業管理制度，督導縣市政府於轄區內辦理寵物業稽查作業，凡查獲業者未申請許可證逕行經營繁殖、販賣或寄養犬隻等行為者，應依法予以懲處。由各縣市政府辦理聯合稽查取締行動，針對轄區內攤販聚集場所進行稽查，並配合新聞媒體之宣導，成效良好。

(三)推動實驗動物人道管理

　　依據「動物實驗管理小組設置辦法」，凡動物科學應用機構包括專科以上學校、醫院、藥物工廠、生物製劑製藥廠、動物用藥品廠及試驗研究機構等，應於 91 年 7 月 13 日前成立該小組，累計至 91 年底止，全國已設立該小組 181 個。另本會亦請相關政府機關自 92 年度開始，於審核應用脊椎動物之科學計畫時，要求申請人須檢附動物實驗管理小組審議核可文件；同時，建請國內所有科學期刊於審核使用脊椎動物做實驗之論文時，要求作者須檢附前揭管理小組核可文件方予刊登。

　　此外，委託國科會國家實驗動物繁殖及研究中心，辦理實驗動物飼養管理專業訓練1 期，共計 223 人取得合格證書；辦理寵物鼠繁殖場健康監測及飼養環境評估共計27 場，以及辦理寵物鼠業者飼養管理專業訓練 1 場，共計 125 人參加。委託中華民國實驗動物學會實地輔導各機構設立管理小組及提供動物飼養管理諮詢共 32 場；舉行動物實驗管理學術研討會 1 場，共計 106 人參加；研擬動物實驗管理小組查核輔導辦法草案及實驗動物管理辦法草案各 1 種。

　　修正「非都市土地變更作專案輔導畜牧事業設施計畫審查作業要點」部分條文，將無特定病原（Specific Pathogen Free，簡稱(ＳＰＦ）實驗動物生產場增列為專案輔導之畜牧事業設施項目，得變更農地設場；修正「新興重要策略性產業屬於農業部分獎勵辦法」，將「應用無特定病原技術繁殖生產之動物」納入獎勵範圍中，以適用「促進產業升級條例」第八條抵減稅款之規定。

(四)推動經濟動物人道利用

　　依據「動物保護法」之規定，對經濟動物之利用，包括運輸、屠宰等過程均應採用人道方式進行。為促使動物福利與畜牧產業經營取得平衡，以免法令窒礙難行，本會邀集學者專家蒐集國際間相關規範及實務運作方式分析研討，配合實際現況及考量民情後，草擬完成「動物運送辦法」草案；並分南、北兩區分別辦理肉品市場工作人員暨豬隻運輸從業人員講習說明會，對相關業者說明及溝通未來立法方向，期能建立共識，建立豬隻運輸及繫留現場之操作標準程序，以逐步提昇經濟動物福利。

(五)加強動物保護訓練及教育宣導

　　持續辦理動物保護業務專業訓練，包括由台灣大學與屏東科技大學辦理 10 期動物保護檢查人員訓練，以加強基層執法能力。另由屏東科技大學於台灣地區分區辦理捕犬作業實務訓練 11 場次，協助基層捕犬人員以符合人道之方式執行業務。本會與美國人道協會簽有合作備忘錄，該協會派員來我國舉行動物收容所設計及管理專業訓練 1 場，並提供相關諮詢意見。

　　教育宣導方面，將寵物登記網站擴充為動物保護資訊網，成為全國性網站，主要內容包括動物新聞、寵物照顧常識、流浪犬認領養、動物保護成果及政令宣導等，以增進民眾對動物保護的認識與對國際的宣導。

　　為加強愛護動物及對待寵物之正確觀念，與臺北市立動物園合作推出關懷生命保護動物劇場，每年約有3 萬名小學生於戶外教學時參加；並編印分發小學生「愛護動物自導式手冊」 1 種，亦刊載於動物保護網站供各縣市工作人員及民眾利用；同時舉辦動物保護教師研習營 1 場。另完成兒童叢書「搶救燕子窩」及「我的怪獸叔叔」各 1 冊及教師活動手冊「神秘的訪客」1 冊。此外，並編印寵物保健手冊及摺頁各 1 種，供民眾免費索取；製作公車車體廣告 1 種、製作「我國動物保護」錄影帶 1 種及編印動物保護海報 3 種，供地方政府分發張貼。各地方政府亦於轄區內辦理宣導活動24 場，並進入小學校園中進行宣導教育；辦理「動物保護法」種子教師訓練共計 13 場次及編印相關教材 2種。