因應加入世界貿易組織，調整畜禽產業結構，降低產銷成本，積極提昇產業競爭力；輔導設置廢水及廢棄物處理設施，解決環境污染之問題，並達維護生產與生態環境平衡之目的；另加強畜產品藥物殘留監控計畫，建立優良國產品品牌，兼顧消費者權益。

(一)研議及管理有關畜牧獸醫法規

1. 修訂公告「動物傳染病防治條例施行細則」。
2. 審議與釋示各種畜牧獸醫法規。

(二)獸醫師（佐）之登記與管理，核發獸醫師證書276張，獸醫佐證書43張，獸醫佐執業資格認定證明書30張。

(三)參加國際畜疫會，並報告疫情12次。

　　86年毛豬總生產量為1,116萬頭，較85年減少22％，生產總值約新台幣474億元。其中毛豬內銷48,159公噸，全年平均價格為每百公斤3,683元，較85年平均下跌37.2％。另86年外銷日本冷凍（藏）切塊豬肉及半邊屠體肉47,487公噸。本會自81年度開始執行「養豬政策調整方案」，輔導小養豬戶提升養豬技術，建立養豬戶登記（建檔）制度，辦理毛豬計畫生產，並輔導冷凍（藏）豬肉屠宰加工廠商與家畜（肉品）市場及農會、合作社、大養豬場及台糖等 4個毛豬產銷管道訂立契約，加強市場產銷之輔導與管理功能，使豬價維持長期之穩定。為落實畜牧管理工作，「畜牧法」草案業經行政院核定通過，並於80年11月在立法院完成一讀手續，將來完成立法後，得據以輔導養豬事業走向更穩定之發展。

　　86年輔導農民團體辦理毛豬共同運銷供應內銷市場5,479,692頭，市場佔有率66.25％，其中農會系統2,971,725頭，合作社系統2,507,967頭。

　　繼續由政府輔導養豬戶辦理共同採購，示範區29處，並提供飼料化驗、疾病診斷、飼料配方調整及經營管理等多項服務，以擴大推動降低毛豬產銷成本工作。86年除完成豬場電腦管理系統之改版外，全年合計推廣800餘套豬場電腦管理系統，對豬場管理工作電腦化之推動助益甚大。此外，亦續編台灣優良豬舍實例1冊，優良公豬精液推廣目錄2冊及拍攝降低毛豬產銷成本技術示範錄影帶5卷,並配合辦理各項豬人工授精及經營管理班，推廣豬精液20,000劑。藉由豬經營效率與生產成本分析資料庫之建立，提供改進經營效率之資訊，另定期將養豬示範戶之經營效率及診斷報告寄交農友參考改進，對養豬效率之提昇助益甚大。

　　台灣黑豬品系在尋求更快速改良豬的繁殖性能，提高每頭種母豬年產上市肉豬數，並發展具有本土特性及產品區隔的畜產品，來增加我國加入ＷＴＯ後養豬業之國際競爭力，畜試所將桃園豬與杜洛克豬雜交後代選留黑色母豬自交，進行合成豬種選育，至85年度台灣黑豬Ｉ4代之成果如下：分娩78胎，平均每胎分娩頭數為9.9±2.3頭（1-2產），出生活頭數為8.1±2.1頭，出生體重為1.27±0.13公斤，平均3週活頭數為7.8±2.2頭，3週齡體重為4.6±0.8公斤，平均8週活頭數為7.2±2.1頭，8週齡個體重為13.1±1.8頭，由Ｉ4代與Ｉ3代比較顯示，每胎分娩頭數、出生活頭數、3週活頭數、8週活頭數，Ｉ4代分別提高0.2頭、0.7頭、0.9頭、0.8頭。另利用目前已建立之梅山種豬群，依桃園豬配杜洛克模式進行另一黑豬品系的選育，並引進盤克夏純種豬，借重其體軀長、深長體側、背寬平整對稱、精肉條紋良好及無多餘脂肪的優點，來改良現有的台灣黑豬品系，並推廣其後裔。

(一)乳牛與牛乳產銷

1. 乳牛群改良計畫
   　　為提昇酪農經營效率及乳牛育種水準，推動乳牛群改良計畫，86年12月參加酪農計214戶，測試泌乳牛群10,445頭，86年度年泌乳平均為6,437公斤，每天平均每頭泌乳量為19.8公斤。
2. 牛乳生產及乳價
   　　86年牛乳生產330,456公噸，酪農戶886戶，飼養乳牛115,401頭，泌乳牛63,961頭，每頭泌乳牛平均產乳量5,167公斤，平均規模130頭。生乳收購價格經協調廠農商定自86年6月1日起每公升提昇2元。
3. 國產鮮乳促銷
   　　為避免國產鮮乳產銷失衡，影響廠農權益，經協調產銷雙方同意暫時停止乳牛進口，並將冬季乳促銷工作改為全年度整體鮮乳推廣之具體措施，以因應國家加入WTO後液體乳開放進口之競爭，為此與乳品公會配合辦理多項促銷產品計畫。
4. 推動降低牛乳生產成本
   　　酪農技術服務團6年來輔導示範戶從育種、飼料作物、營養、生理、獸醫及經濟等方面改善經營，提昇效率，84年即已達到平均降低成本20％之目標，85年及86年因逢牛流行熱肆虐及飼料漲價影響，成果受到影響，惟因過去降低成本之努力，使衝擊減小，且已建立降低牛乳生產成本之模式，編印推廣手冊，只要酪農能夠努力，加上技術人員之指導，應可進一步降低牛乳生產成本，提昇競爭力。

(二)肉牛產銷

　　續健全肉牛產銷制度及提升由農戶主導報價之能力，輔導縣級肉牛合作社，依區域與銷售對象，分別辦理分段集中飼養或代養、活牛運銷、溫體牛肉、冷藏肉與加工品之直接供銷作業，活絡肉牛交易及省產牛肉消費市場，成效彰顯，加上受豬隻口蹄疫而消費牛肉增加之影響，全年平均牛價維持在每公斤70元以上，農民收益穩定。

(三)家禽產銷

　　由於業者自行辦理產銷資訊，本年全年家禽產銷維持平穩，價格比去年稍低，毛雞全年平均價格維持每公斤32元，雞蛋23元，毛鴨38元，鴨蛋36元，是家禽產品價格最穩定的一年。輔導各家禽合作社及團體，辦理家禽產銷等相關業務，主要工作臚列如次：

1. 繼續協助養雞協會及養鴨協會，加強推動產銷督導工作，辦理每日行情報導，調節產銷維持供需平衡，穩定價格。
2. 健全家禽有關之合作社營運功能，獎勵禽農社員組成產銷班，辦理資材共同採購，產品共同運銷，以降低產銷成本。
3. 推動洗選分級包裝鮮蛋及液蛋之CAS標章規範，繼續擴大輔導，現已有32戶廠商加入CAS標章輔導，並已有4家取得認證標誌。
4. 整合台灣土雞品系，促進土雞體型規格化，並輔導建立CIS品牌標誌以利推動土雞電宰，開拓國內外市場，現已有2家取得認證標誌。

(四)羊乳及肉羊生產

　　　為改善以往自產自銷的經營型態，輔導嘉南、高屏、屏東第一羊乳運銷合作社等農民團體，從事羊乳產銷經營示範，符合衛生安全標準，獲致消費大眾肯定，更進一步輔導嘉南羊乳成為GMP廠。肉用羊因消費市場之開拓及拍賣市場之建立，羊肉價格尚稱穩定，傳統羊肉消費日益活絡。另為輔導羊農重視品種改良，加強飼養管理知識，提昇效率，透由台灣省畜產試驗所恆春分所辦理羊隻人工授精訓練班，並透由養羊團體辦理羊隻疾病防治講習訓練。

　動物疾病攸關動物的生產效率及產品品質，且影響我國畜產品之競爭力，因此控制動物傳染病為維護畜牧生產的重要先決條件之一。本項工作有賴於平時加強農戶之飼養衛生教育宣導，動物防疫人員檢診技術之提昇，強化現行防疫體系，並注重整體疾病之預防工作，以期動物傳染病發生時，即能迅速確診並採取必要之防疫措施，防止疾病蔓延，以減少經濟損失，並提供國人安全衛生之動物性蛋白質。動物疾病防治之主要工作項目如下：

(一)強化動物疾病防治網

　　為維護畜牧生產之安全，持續強化各縣市家畜疾病防治所之功能。本年度共舉辦4次的家畜疾病檢驗技術評審會及8次的組織病理研討會，並添購33件的儀器設備，加強病性鑑定之時效及準確性，以提昇檢診技術之品質。另辦理20班次的基層公務獸醫及農民之教育訓練，編印動物衛生季刊，以加強防疫宣導。

(二)加強動物檢疫及疫情監視

　　由於與我國相鄰之東南亞國家及中國大陸，皆屬口蹄疫、牛瘟、高病原性家禽流行性感冒等惡性動物傳染病之疫區，加以國人出國觀光日增，部分國人藉觀光非法攜進農產品機會增多，又有不法漁船自大陸地區走私進口疫苗及其他動物產品。為加強民眾了解動植物防疫之重要性，本會將加強國民宣導教育工作，建立全民防疫觀念，並配合海關落實預防、緝私、檢疫工作，並將查獲之動物產品私貨由查獲機關逕行通知私貨處理機關，由其交由指定之化製廠處理，簡化私貨點交程序，有效縮短此類私貨自緝獲到銷燬之過程。

(三)草食動物疾病防治

　　繼續辦理乳牛、乳羊之結核病檢驗，86年度共檢驗77,273頭次，陽性牛、羊均予以撲殺、燒燬；鹿之結核病檢驗仍採申請制，由農民主動提出申請，各縣市家畜疾病防治所免費提供檢驗服務，陽性反應者均淘汰宰殺，另篩選鹿隻結核病檢驗陰性養鹿場名單透過報紙公佈，提供消費者採購鹿產品及鹿農購鹿參考。對於已無檢出例之乳牛、羊、肉牛布氏桿菌病仍進行檢驗，86年度繼續監測並檢驗12,398頭，均呈陰性反應，證實我國仍處於布氏桿菌清淨狀態。另辦理牛流行性感冒防疫輔導工作，並以全面實施牛、羊、鹿之口蹄疫預防注射工作，同時加強宣導牛流行性感冒、牛傳染性鼻氣管炎、牛病毒性下痢之預防注射，以防範疾病之爆發。

(四)豬疾病防治

　　自口蹄疫疫情爆發後即積極強化豬病疫情查報及緊急防疫措施，確實掌握疫情，有效處理及儘速撲滅病原，同時加強教育宣導訓練並輔導豬場衛生管理及建立豬場自衛防疫體系。除豬瘟及口蹄疫外，並實施豬假性狂犬病清除計畫與防疫工作，以提升毛豬生產效益。另外對於其他豬之重要傳染病，例如豬生殖與呼吸綜合症、豬小病毒感染症、豬傳染性胃腸炎、豬水泡病則加強疾病監控及流行病學調查分析，並訂定期緊急防疫措施。

(五)禽病防治

1. 建立養禽業者自衛防疫體系，宣導及教育農民有關禽病衛生保健知識，除編印家禽保健教材供禽病防治工作人員及養禽農戶教育訓練用，同時配合禽病防治工作，於疫病流行期前邀請專家學者舉辦農民講習班藉以提高農民防疫知識水準，計舉辦115班，參加農民達8,154人。
2. 依據外銷用原料家禽健康證明書核發要點，輔導業者加強禽病防疫工作，冷凍鴨肉去年外銷日本4,268公噸，占日本輸入量38%。
3. 委託台灣區家禽發展基金會家禽保健中心，辦理養禽場血清抗體測定，測定871件，92,922支血清，供業者選擇適當的疫苗與免疫時機，以獲得免疫接種之最大效果，同時每月發行簡訊，提供疫情最新消息。
4. 培訓家禽特約獸醫師，輔導協助服務養禽場，已簽約10人，服務契約養禽場150場，解決養禽場疾病防治之困擾。

(六)健全水產動物傳染病防疫體系

　　繼續推動水產動物傳染病防疫體系計畫，由各縣市家畜疾病防治所承辦魚病疫情調查、檢診服務及養殖衛生教育之推廣，以控制水產養殖疾病之蔓延，提昇水產品質，確保水產養殖之安定。本年主要工作項目包括：

1. 按月發行水產動物防疫簡訊12期，提供有關單位及養殖戶衛生管理及相關政令等訊息。
2. 辦理水產動物疫情調查1,000件，疾病檢診4,130件，水質檢驗服務2,710件，田間防疫輔導2,230件，同時充實各魚病檢診單位儀器設備36件，提昇魚病檢診的品質。
3. 舉辦3次水產動物疾病檢驗技術評審會，以加強公務及執業獸醫之檢診技術。
4. 各縣市家畜疾病防治所繼續推動水產養殖業者及基層鄉鎮公所獸醫講習，計辦理24班次。
5. 分北、中、南3區舉辦3次區域性魚病防疫網會議，強化診療服務網。

(七)寵物疾病防治工作

　　宣導狂犬病預防注射、編製畜犬人畜共同傳染病手冊6期，每期2,000份，合計12,000份。製作宣導片1支，並於3家電視台播放，強化狂犬病防治宣導教育，並在台北市、高雄市、台中市及高雄縣舉辦畜犬義診活動，皆獲得民眾熱烈參與。

(八)野生動物疾病防治工作

　　建立野生動物疾病資料，強化野生動物急救站之功能，繼續辦理非人工飼養受傷之野生動物救傷工作，共348件，復原之動物視情況加以收容或野放。

(九)強化獸醫診療體系

　　培訓豬隻及家禽特約獸醫師合計80名，並輔導開業之特約獸醫師與牧場訂定合約，以提升牧場之衛生水準。辦理特約獸醫師再訓4次，參加人數計190名，牧場獸醫訓練1次，計15人。另編印「獸醫法規手冊」1,500冊。

(十)改善死廢畜禽處理

1. 製作檢舉死廢畜禽非法流用宣導短片1支，於3家電視台播放，強化宣導效果。
2. 宣導畜牧場妥善處理死廢畜禽及自律自清工作，並舉開宣導班會計180場次，參加人數7,095人。
3. 受理檢舉案件計177件，均移送檢警單位調查。由農政單位會同查獲非法行為經檢察機關起訴判刑者5件，核發檢舉獎金1件。
4. 由各縣市協調化製場與牧場簽訂契約，代為清除及化製死廢畜禽，簽訂合約之牧場累計有4,680場。
5. 加強牧場管理，查核12,954場次，督促養畜禽戶妥善處理死廢畜禽。
6. 配合環保單位輔導代清除死廢畜禽之集運業者135人接受丙級清除技術員訓練，其中35人考試及格取得丙級清除技術員資格。
7. 依「動物傳染病防治條例」第十六條規定，每週不定期查訪化製場計357場次，以督促化製場依規定處理死廢畜禽。

(一)飼料管理

1. 核發飼料證照：核發飼料（飼料添加物）輸出證明書460件，督導省（市）政府核發飼料（飼料添加物）輸入登記證187件，飼料飼料添加物）製造登記證191件。
2. 抽驗飼料：會同及督導省（市）政府抽驗飼料一般成分及飼料添加物之力價153件、飼料中含藥物飼料添加物或有害物質計536件，其合格率為97.58％。

   (二)動物用藥品管理

   1. 追蹤檢查已實施優良藥品製造標準（GMP）之動物用藥廠計23廠次，以提升動物用藥品製造水準。
   2. 本年核發製造動物用藥品許可證14件，輸入動物用藥品許可證29件，動物用藥品輸出證明書96件,會同及督導省（市）政府抽驗市售動物用藥品793件，已完成化驗者773件，合格率98％，依法取締偽劣動物用藥品314件。

   (三)飼料作物生產與研究

   1. 配合養牛政策，輔導農民以機械化栽培管理牧草地，降低生產成本。目前已推廣種植盤固草5,974公頃、狼尾草3,047公頃，共計有9,021公頃。
   2. 繼續推行青割玉米大面積區域示範280公頃，選定XL678及台南19號2個品種於全省4個地點實施，分春、秋二季種植，每一示範區以30公頃為單位，以便施行機械化栽培管理。示範結果每公頃產量40～50公噸，具有推廣之潛力。

   六、 畜牧污染防治

   (一)畜牧業的環境污染

   　　早期養豬產業因生產規模小較不易產生環保問題，近年來政府致力於輔導品種改良與提昇經營效率，平均每戶經營規模提高，漸產生環境污染問題，普為國人所重視。養豬產業對環境之影響計有廢水、廢棄物及空氣等3項污染，其中以廢水問題較受各界重視。養豬廢水對環境之污染過去外界誤解以為豬的污染量是人的6倍，並認為養豬廢水是河川污染的主因，事實上平均1頭豬1天所排泄之生化需氧量為100公克，國人平均1人1天則為40公克，故從原污染源生產量觀之，豬是人的2.5倍，但因85％以上之豬隻排泄物有經處理後才排放，而台灣地區下水道衛生系統普及率僅達3.5％，實際每日每頭豬排出污染量僅及人之0.8倍。若從每天廢水產生量作比較，平均1人1天之水量為170公升，平均1頭豬1天廢水量為20公升，故廢水產生量人是豬8.5倍。養雞場污染情形,一般以雞舍臭味、雞糞及死雞廢棄物處理問題較令人困擾；廢水部分，除雞舍沖洗水外，幾為無排放,故無廢水問題。雞糞處理問題，因每年可收集總糞量約142萬公噸，排泄量相當可觀，若未經妥善處理而任意棄置，易發生污染公害問題。養牛、養羊場之污染問題以廢棄物為主、廢水為輔，臭味在養牛、養羊場並不構成污染，基本上，牛、羊等畜牧場之廢水、廢棄物以有機物為主，以適當之處理後回收利用，不致造成環境之污染。

   (二)畜牧業的環境保護

   1. 養豬污染防治
      早期養豬產業較欠缺環保觀念，以致產生環境污染，自從民國81年行政院核定「養豬政策調整方案」之後，養豬場已能配合環保政策做好污染防治工作，養豬場所造成之污染已明顯改善。截至86年12月底止臺灣地區飼養200頭以上養豬戶計7,438戶，其中包括農漁牧綜合經營戶在內，幾乎已達100％設置率，從削減率觀之，養豬廢水污染量經三段式廢水處理後已大幅削減，不再成為國內河川主要之污染源。依據行政院核定之「養豬政策調整方案」之政策目標，輔導養豬場設置廢水、廢棄物及空氣污染防治設施，由本會成立「畜牧污染防治技術服務團」，並由台灣省畜產試驗所於全省設置5個工作輔導站及委託工研院、豬研所、雲林科技大學與屏東科技大學之環工專家，全力動員技術單位及各縣市政府人員至養豬場指導，歷經4年餘時間，養豬場設置廢水處理設施比率已相當普及，同時輔導廢水減量及廢水再循環利用，舉辦各種污染防治講習班，配合法令設置獨立專用電錶與廢水處理專責人員。廢棄物處理部分，輔導堆肥製造利用，並設置禽畜糞堆肥集中處理場；回收利用廢水處理所產生之沼氣，用於焚化病死豬，避免農民任意棄置污染。並推廣牧場綠美化，防治空氣污染，建立零污染之健康產業。
   2. 養雞污染防治
      養雞產業分成蛋雞場及肉雞場2種，有關雞舍臭味問題，蛋雞糞含水率高，若曝露於空氣中，將產生臭味與孳生蒼蠅，影響四週環境。肉雞業因採墊料式飼養，所造成之臭味，雖不如蛋雞糞嚴重，但易受氣候、溼度、雨季及管理方式之影響，除產生臭味外，更易造成雞糞清除上之困難；因此加強雞舍之通風與脫臭處理，推動牧場綠美化工作，將可降低雞舍之惡臭味及蚊蠅產生，改善鄰居之觀感。至於死雞廢棄物問題，一般雞場死雞以商人收購再處理利用（如做為飼料）、掩埋或任意丟棄等方式處理，造成環境衛生污染問題頗大，應予焚化處理，以徹底解決死雞處理問題。另外有關雞糞處理問題，肉雞以粗糠墊料吸附糞便排泄物，以每期飼養後1次裝袋清除，臭味少，亦可迅速做為堆肥使用，所衍生之問題較少。蛋雞糞雖多做為有雞肥出售供農作施肥使用，但如未經完全發酵，僅曬乾後出售，若直接施用於農地農作物，將造成傷害及雜草種子滋生及二次污染公害。
   3. 養牛、羊污染防治
      養牛、養羊場之污染防治工作，廢水部分以固液分離、厭氣醱酵及好氣處理之三段式廢水處理為主，只要廢水處理池設計施工無誤，加以正常操作管理作業，排放水可達環保放流標準，目前已輔導343戶養牛戶及19戶養羊戶設置廢水處理設備；廢棄物處理部分則以製成堆肥，回歸農地為主，目前已輔導223戶養牛戶及32戶養羊戶設置簡易或自動翻堆堆肥舍。另輔導牛、羊等畜牧場廣植樹木等綠美化工作，一來具遮蔽功能美化環境，二來種植芳香花木，吸附牧場異味。