法規是執行政策之重要工具，行政機關為達成政策目標及行政目的，必須制定合宜之法規，並隨時檢討修正現行法規，以符合政策之方向。本會秉持上述原則，每年均提出立法計畫，以配合農業政策之推動。另為保障人民行政救濟之權益，本會受理農業有關之訴願及再訴願案件，均秉持公正客觀之立場，為人民循求最有利之決定，並適時指摘下級機關之行政疏失，提供改正參考，以提昇依法行政之精神。

　　為配合經濟、社會發展，因應農業施政需要，本會於法規之研修，訂有年度立法計畫及法規整理計畫，以為整理法規之準據。迄89年12月31日止，本會主管法規計192種，其中法律27種；法規命令165種。

(一)訂定法規命令

　　89年完成訂定法規命令有「化製廠之消毒方法消毒設備及管理辦法」、「動物保護法施行細則」、「動物傳染病防治條例補償評價委員會之組成人員及評價標準」、「農業主管機關受理申請許可案件及核發證明文件收費標準」、「屠宰衛生檢查規則」、「農地違規使用檢舉獎勵辦法」、「農民團體農業企業機構及農業試驗研究機構申請承受耕地移轉許可準則」、「造林基金收支保管及運用辦法」、「農業推廣實施辦法」、「台灣省農田水利會會長及會務委員考核獎懲辦法」、「台灣省農田水利會會務委員會議事規則」、「台灣省農田水利會人事管理規則」、「農業用地作農業使用認定及核發證明辦法」、「肥料管理法施行細則」、「寵物業管理辦法」、「農業用地變更回饋金撥繳及分配利用辦法」、「農藥檢驗收費標準」、「肥料登記證申請及核發辦法」、「漁港管理費收費類目及費率標準」、「山坡地開發利用回饋金繳交辦法」、「肥料查驗辦法」、「陸上漁塭養殖漁業登記及管理規則」等22種。

(二)修正法規

　　89年修正法律有「農倉業法」、「農倉業法施行條例」、「植物種苗法」、「植物防疫檢疫法」、「糧食管理法」、「山坡地保育利用條例」、「農田水利會組織通則」、「水土保持法」、「飼料管理法」、「動物傳染病防治條例」、「獸醫師法」、「畜牧法」、「動物保護法」、「農產品市場交易法」、「老年農民福利津貼暫行條例」、「農會法」、「漁會法」、「農業發展條例」、「森林法」、「漁港法」等20種；修正法規命令有「行政院農業委員會動植物防疫檢疫局辦事細則」、「植物種苗法施行細則」、「森林法施行細則」、「保安林經營準則」、「水土保持法施行細則」、「漁業法施行細則」、「飼料管理法施行細則」、「動物傳染病防治條例施行細則」、「動物用藥品檢驗標準」、「獸醫師法施行細則」、「農業實驗研究教育及推廣人員獎勵辦法」、「農產品平準基金設置辦法」、「農產品平準基金管理運用準則」、「清除豬瘟暨口蹄疫所需疫苗之種類及其管理辦法」、「行政院農業委員會辦事細則」、「農產品受進口損害救助辦法」、「農產品市場交易法施行細則」、「農產品受進口損害救助基金收支保管及運用辦法」、「農產品批發市場管理辦法」、「農業發展條例施行細則」、「農業天然災害救助辦法」、「漁船及船員在國外基地作業管理辦法」、「農業動力用電範圍及標準」、「休閒農業輔導辦法(名稱修正為：休閒農業輔導管理辦法)」、「農產品受進口損害救助基金收支保管及運用辦法」、「漁船及船員在國外基地作業管理辦法」、「娛樂漁業管理辦法」、「飼料管理法施行細則」、「農業綜合基金收支保管及運用辦法」、「特定水土保持區劃定與廢止準則」、「漁船建造許可及漁業證照核發準則」、「動物用抗生素麻醉毒劇及生物藥品管理辦法」、「農業動力用電範圍及標準」、「農藥管理法施行細則」、「營利性野生動物飼養繁殖管理辦法」、「保育類或具危險性野生動物飼養繁殖管理辦法」、「家畜保險辦法」、「進口梨接穗檢疫作業辦法」、「繁殖用植物實施特定疫病蟲害檢查及收費辦法」、「糧食管理法施行細則」、「森林遊樂區設置管理辦法」、「森林登記規則」、「擴大家庭農場經營規模協助農民購買耕地貸款辦法」、「農會選舉罷免辦法」等44種

(三)廢止法規

　　89年廢止法律有「蠶種製造條例」、「農倉業法」、「農倉業法施行條例」等3種；廢止法規命令有「蠶種製造條例施行細則」、「蠶種冷藏取締辦法」、「糧食倉庫管理辦法」、「屠宰牲畜管理辦法」、「肥料管理規則」、「農業推廣規程」、「電動屠宰場設置標準」等7種。

　　89年共受理訴願案件341案、再訴願案件54案，合計395案，連同88年未結移列者98案，均依訴願法規定，經本會訴願審議委員會審議決定，迄89年底共辦結377案，其中駁回 330 案、撤回5案、撤銷原處分或原決定22案、移轉其他機關管轄20案、未結116案。