1. 育成抗輪點病毒木瓜、抗嵌紋病毒番茄、延遲花瓣老化蝴蝶蘭、延長採後保鮮期香蕉、抗胡瓜嵌紋病毒（CMV）轉基因苦瓜、抗蕪菁嵌紋病毒（TuMV）轉基因芥菜、低木質素含量赤桉及含豬乳鐵蛋白水稻等轉基因農園作物、林木品系，如能通過隔離田間生物安全及食品安全評估，可增強我國植物種苗產業競爭力。

2. 培育出高紫杉醇含量的台灣紅豆杉細胞株，並建立利用發酵槽培養細胞株及生產紫杉醇技術。

3. 研發成功豬乳鐵蛋白及人類凝血第九因子之雙基因轉殖複製豬，為全球第一頭攜雙轉殖基因之複製豬；育成基因轉殖螢光蠶及抗熱緊迫基因轉殖仔豬。建立生產複製牛、羊之平台技術，水準與國際和中國大陸相當。

4. 完成Aspergillusoryzaeleucineaminopeptidase(LAP)、alkalineprotease、acidprotease等基因之選殖及酵素性質分析，發現A.oryzae的LAP非常適合作為去苦味之用。完成A.sojaeLAP基因之選殖及LAP酵素性質分析。

(二)生物農藥資材及產品安全檢測技術之研究

1. 已篩選到蛋白分解酵素菌株，用以提高有機液肥之研製。

2. 研發完成菌根菌等生物性肥料的種原繁殖技術與研發完成枯草桿菌、放線菌、黏帚黴菌等生物性農藥的量產技術。

3. 建立微生物農藥品管和毒理評估技術。

4. 研發完成豬萎縮性鼻炎重組毒素次單位疫苗等8種動物用疫苗的量產技術，已辦理技術轉移。

5. 研發進口稻米、馬鈴薯、油菜、甜玉米、番茄種子種苗及出口木瓜之轉基因取樣及檢測技術，針對種子種苗來源建立監測體系，據以管理轉基因作物種子種苗之進出口及推廣銷售。

(三)加強推動農業生物技術產業

1. 建立花卉種苗組織培養優良種苗驗證體系方面，已公告實施「植物種苗疫病蟲害驗證輔導要點」及「文心蘭無病毒種苗驗證作業須知」，開始實施文心蘭種苗驗證制度。

2. 研發成功拖鞋蘭、擎天屬鳳梨、甘藷、聖誕紅之體胚再生培養技術，改進香蕉、蔥、彩色海芋健康種苗之組培量產技術。

3. 建立花卉種苗組織培養生產自動化系統、電腦條碼管理系統及病毒檢測系統，並已技術移轉業者應用。組織培養技術服務團共訪視82家組培業者。

4. 已培育出高紫杉醇含量的台灣紅豆杉細胞株，並建立利用發酵槽培養細胞株及生產紫杉醇之技術，再經過產學合作之量產試驗，正辦理技術移轉中。

5. 培育成功三倍體牡蠣，較傳統牡蠣含較高肝醣，甚具經濟價值。

6. 建立由草蝦卵至各期草蝦苗之標準PCR檢測法及無白點症病毒草蝦苗之篩檢方法。