走私傷害農民權益及破壞動植物防疫體系，政府除依相關規定沒入及銷燬走私農漁產品貨物外，並處罰走私貨價1至3倍之行政罰鍰。歷年來本會均不斷協調相關單位加強檢疫及對漁船進行檢查工作，以防杜走私帶進動植物病蟲害。

　　另為避免亞洲相關國家濫發產地證明而助長大陸大蒜等農產品進口，本會及財政部已協調外交部要求相關駐外單位加強大蒜、香菇、花生與紅豆等敏感性農產品產地證明之複查。

　　本會配合海關進行市面查緝次數92年度有10次以上，在加強查緝有效嚇阻下，走私農產品數量有減少趨勢。92年度銷燬走私農產品數量1,200餘公噸，銷燬項目包括花生、稻米、紅豆、金針、菇類、蘋果、梨、茶、檳榔等。