無論是淡水魚或海水魚都有可能成為寄生蟲的中間宿主，料理秋刀魚或其他魚類時，若經煮熟即可安心食用。

魚類身上偶而會有線蟲寄生，但煮熟後都是對人體無害，如仍有疑慮，則在殺魚時去除鰓部和消化道，魚頭的部分也務必煮熟，便可有效去除寄生蟲。

依據黃文彬教授的研究報告指出，秋刀魚魚體外部上常被一種小型甲殼類動物寄生，且水溫較高時此現象會較多，但一般在進入船艙冷凍階段時會自行脫落，最後在魚體表皮會形成直徑約4－5mm的圓形或橢圓形洞痕。此種情形，則不是線蟲感染。

另外，秋刀魚的主要食物是一種紅色的橈足類，其為一種小型的甲殼類，有時剖開魚腹看到一堆紅紅的小東西，也可能是該種橈足類，煮熟後仍會呈紅色（線蟲煮熟後會變成白色），其帶有特殊風味，也是秋刀魚肚苦甘苦甘味道的來源。

參考文獻：黃文彬、黃郁淳(2011)寄生性橈足類Caligus macarovi感染西北太平洋秋刀魚之研究。台灣生物多樣性研究，13(2):153-165。