辦理農作物農藥殘留整體管制工作，包括病蟲害管理、農藥管理、病蟲害防治及安全用藥教育、農藥殘留監測等。98年辦理田間(集貨場)蔬果及茶葉農藥殘留監測，以化學檢驗法抽樣蔬果1萬件，並輔導農民團體設置生化檢驗站，以生化法檢測農藥殘留30萬件，以為農民安全採收期及出貨之參考。另輔導35處果菜批發市場訂定「進場果菜農藥殘留檢驗處理要點」，辦理進場蔬果安全品質自主監控作業。

　　持續辦理芒果等7項輸日供果園安全管理，其中芒果、荔枝及木瓜等列入出口管理，抽驗符合規定者始核發出口同意文件。另輔導外銷蔬果園推動吉園圃認證及產銷履歷驗證。同時，輔導茶葉廠農合作及產銷班茶園健康管理，加強茶葉農藥殘留安全監測，並輔導4個產區核發產地證明標章。

　　強化畜產及水產飼料安全監控，確保生產原料安全供應，落實用藥安全管理；持續落實屠宰衛生檢查制度，改善屠宰場設施，以及聯合各縣市政府查緝取締違法屠宰，杜絕斃死畜禽非法流用。

　　為確保國產蔬果衛生安全，持續推廣吉園圃安全蔬果標章及產品行銷。吉園圃標章下沿編訂9碼識別號碼，其中第1、2碼代表縣市別，第3碼為標章類別碼，第4碼為印製年度代碼，後5碼為流水號管制碼，可供追溯生產農友，以建立農友生產責任。同時，落實吉園圃產品安全品管，對吉園圃產銷班之生產管理作業、防治紀錄簿、標章使用及產品加強輔導及抽查，隨時查訪市售吉園圃產品標章標示，以防止不正確標示及仿冒情事。

　　98年預計累計輔導2,000個蔬果產銷班通過吉園圃審查，並輔導吉園圃產品供應台北農產運銷公司、三重、台中果菜公司交易，另於300家超市設置吉園圃專櫃，方便消費者辨識選購，以維護消費者食用安全。

　　為確保CAS產品品質及保障消費者權益，持續辦理各項生產查核工作，98年預計追蹤查驗生產廠(場)575廠次，抽驗產品1,800件以上。並加強稽查市售產品之標章標示100場次。另持續辦理宣導教育活動，提高消費者對CAS優良農產品之認識，以促進消費力及相關產業良性成長。

　　依據「農產品生產及驗證管理法」規範，落實有機認驗證管理，加強宣導俾讓農產品經營業者遵循。輔導農民申請有機驗證，利用台糖土地、退輔會農場及大面積連續休耕田，結合有機志工及宗教界力量，推動有機集團栽培及有機農業專區，98年將擴大有機農產品生產面積達2,800公頃；並與通路業者建立長期穩定之供銷關係，輔導有機農夫市集結合觀光休閒產業發展在地行銷，推廣CAS台灣有機農產品標章，以拓展行銷通路。

　　在進口有機農產品管理方面，持續辦理與我國有機管理同等性國家之審查及公告作業，辦理進口農產品申請核發有機標示同意文件之審查。另加強有機農產品、農產加工品標示檢查及品質抽檢，以確保消費者權益。

　　為順應國內外消費者對於衛生安全農產品之要求，選擇適當產品落實推動產銷履歷制度。98年度推動農、漁、畜產品產銷履歷制度經費編列合計2.61億元，持續輔導產銷履歷認驗證制度，確保區域檢驗中心健全運作，並強化消費者宣導教育，讓消費者能正確認識產銷履歷農產品，使消費安全更有保障。

　　肥料為農業重要資材，持續健全肥料管理，加強生產供應及疏運配銷，維護肥料品質，增進農業生產力及生產安全。並輔導農民依據農地之理化性或作物養分需求，合理化施肥，減少肥料使用量。

　　加強農藥管理，賡續由各縣市政府執行市售農藥品質管制計畫，並積極聯合各縣市政府及檢警調單位加強非法農藥之查緝工作，以有效遏止不法行為，確保農產品衛生安全及維護生態環境。

　　本會為解決部分農作物缺乏防治藥劑及農民違規自行擴大農藥使用範圍之問題，將作物及病蟲害以科學方式加以群組化，以期合理擴大農藥之延伸使用範圍。預定於98年3月中旬前完成修訂「農藥田間試驗準則」之法制化作業，並於98年4月底前公告完成「作物群組化農藥延伸使用管理」之具體化實施原則後，即可據以辦理農作物擴大農藥之延伸使用範圍相關作業。