98年持續推動「遠洋漁業管理及產業重整」方案，強化漁業管理及落實執法能力，加強漁業統計資料蒐集及資源評估研究，獎勵遠洋漁船海上作業，並調整遠洋漁船漁撈能力，以提升產業競爭力。在沿近海漁業方面，持續收購漁船筏，降低漁撈壓力，並放流魚貝介種苗，投放人工魚礁，增設漁業資源保育區並強化管理，推展娛樂漁業。

　　在推動海岸新生方面，將持續既有漁港航道疏浚與機能維護及整建，維護漁船(民)作業安全；增設漁港休閒設施，營造優質漁港漁村環境；建構高效能及衛生安全之漁產運銷體系，活絡漁業經濟。