賡續推動豬瘟及口蹄疫撲滅工作，為達「口蹄疫非疫國」之目標，96年4月起於台灣本島及金門馬祖地區執行階段性停打口蹄疫疫苗措施，逐步撲滅口蹄疫病毒，97年8月停打疫苗豬隻已達90%，原預計於97年12月起全面停打疫苗，惟依屠宰場口蹄疫哨兵豬試驗結果顯示，目前環境中仍潛藏口蹄疫病毒，爰經邀集產官學研單位共同研商及評估後，為避免可能之風險及追求產業之整體利益與永續經營，決定暫不進入全面停打口蹄疫疫苗階段，並加強高風險養豬場之全面強化注射。

　　今年2月於雲林縣及彰化縣各發現1養豬場未施打疫苗試驗豬隻出現疑似水泡性疾病病例，檢體經證實與86年發生豬隻口蹄疫O型病毒相同，顯示目前環境中仍有病毒殘存，並非外來。且發生場周邊半徑3公里內畜牧場經訪視並未發現其他異常豬隻。依據世界動物衛生組織(OIE)規定，要成為口蹄疫非疫區，必須停打疫苗，且經1年不再有病例發生，本會採階段性停打口蹄疫疫苗措施，有病例出現屬撲滅過程中很難避免的現象，檢測報告已依規定向OIE完成通報。未來將持續加強相關防疫工作，追查病毒可能之來源，加以清除，並持續辦理肉品市場及屠宰場口蹄疫哨兵豬試驗，待評估無防疫風險時，再穩健進入全面停打口蹄疫疫苗，以期儘速撲滅口蹄疫。

　　為防範及因應家禽流行性感冒入侵，持續透過行政院禽流感聯繫會議結合相關部會進行防疫分工，隨時蒐集國外疫情，適時公告禁止疫區禽鳥類及其產品進口，並協調緝私機關加強查緝走私。另要求縣(市)動物防疫機關，針對轄內養畜禽場加強輔導自衛防疫，及養豬禽場架設防鳥圍網措施，以防範家禽流行性感冒。

　　落實重要動植物疫病監測、預警、防治、宣導教育等重點工作，並在全國重要港站、主要農作物產區、進口農產品集散地及果菜市場等高風險地區，針對危險性檢疫果實蠅等設置偵察點，以確保我國為非疫區與維護農業生產安全。另配合兩岸經貿交流，於港口及機場強化輸出入檢疫管制，持續?加檢疫偵測犬組至44組。