兩岸農業交流合作包括農產貿易、投資、技術與人員交流等，因應兩岸直航及經貿協商新時代，在兩岸農產貿易方面，仍繼續管制834項大陸農產品進口，並以拓展出口為政策方向；在台商赴大陸進行農業投資方面，配合整體大陸政策及農業產業發展，適度檢討赴中國農業投資之項目；建立兩岸農業智財權與商標協商機制，以保障農民權益；積極規劃兩岸漁業諮商，以解決漁事糾紛及大陸漁工問題。本於對等、互利、互補、互惠原則，開啟兩岸協商，研究建立兩岸農業交流、合作及協商之運作機制及配套措施，以確保台灣農業競爭優勢及永續發展。