本會推動全民農業施政，落實推動小地主大佃農、農村再生、綠色造林及海岸新生等愛台12建設；98年創新推動精緻農業健康卓越方案，是行政院推動六大新興產業之一，提供前瞻的農業願景，創造國人新的生活價值。農業施政包含健康、卓越、樂活及永續四大主軸，以深化農產品之安全驗證，研發領先國際之科技技術，開發農業深度旅遊與農業精品，以及強化綠色造林、治山防災，加速推動莫拉克災後農業重建，引導產業轉型升級，提升農業競爭力。農業重要施政成果簡述如下：

一、推動健康農業，保障民眾飲食安全

(一)推動農產品安全無縫管理

　　為有效確保農產品由產至銷的衛生安全，加強田間作物健康生產管理，輔導農產品安全品牌制度，並加強農產品農藥殘留及重金屬監測管制。99年至8月底針對違規用藥及用藥風險較高農戶，加強辦理農民安全用藥宣導教育計70場次。

　　整合生化檢驗法與化學檢驗法，於田間生產階段、運銷流通及零售等各流通點，加強各種農產品農藥殘留監測。99年至8月底以化學法抽驗田間及集貨場蔬果7,636件，合格率92%；稻米425件，合格率95.8%，以及茶1,344件，合格率90.6%；以生化法檢驗果菜批發市場蔬果21萬2,687件。辦理田間及市售有機農產品品質檢驗740件，合格率99.2%；標示檢查1,395件，合格率97.3%。辦理養殖水產品上市前藥物殘留及重金屬檢測133件，合格率100%；於批發魚市場辦理簡易衛生檢查300件，合格率99.7%。針對畜牧場畜禽用藥抽驗27,889件，合格率99.7%。對於不合格案件已依法查處，並辦理追蹤教育。

(二)推廣吉園圃、CAS、有機及產銷履歷農產品

1. 推廣吉園圃安全蔬果：迄99年8月底，已輔導1,645個產銷班通過吉園圃審查，生產面積20,927公頃，達本年推動目標24,000公頃之87%。8月13日修正「吉園圃安全蔬果標章管理作業規範」，修正重點為標章核發對象延伸生鮮之雜糧及特用作物、申請與審核程序簡化、吉園圃蔬果管制作業等。
2. 推動CAS台灣優良農產品制度：辦理優良肉品等15大類產品驗證，總計有309家廠商、6,055項產品通過CAS驗證。99年5月3日發布優良農產品鮮乳、鮮羊乳及牛肉項目驗證基準，將上述品項納入優良農產品標準。積極對學校、國軍等機關團體推廣，以提高消費者對CAS優良農產品之認識與信心。
3. 有機農產品驗證輔導：推動有機農業專區，99年規劃增設272公頃。已認證通過有機農產品驗證機構13家，通過有機農產品驗證農戶1,522戶、面積共3,491公頃，達本年推動目標3,500公頃之99.7%；驗證通過之有機農糧加工品經營業者計171家。
4. 推廣產銷履歷農產品：以外銷國家有要求、通路有保障及有食品安全風險疑慮者3原則落實推動。已通過產銷履歷驗證經營業者1,444家，生產品項包含農、漁、畜等131項。

(三)落實農業用藥及資材安全管理

　　以代表性農藥使用範圍的試驗評估辦理農藥延伸使用，提供合法藥劑讓農民選擇，並加強用藥安全管理，確保農產品衛生安全。迄99年8月底已公告核准擴大「葫蘆科瓜類」、「茶」及「十字花科蔬菜」等作物之農藥延伸使用範圍計有780項，預計99年底前全數檢視完成。

　　加強市售農藥品質監測工作，計抽檢市售成品農藥550件，其中10件屬劣農藥，已責成各縣市政府依法查處。另會同各縣市政府及檢警調等單位查獲非法製造及販賣偽(禁)農藥案件計8件、28公噸。輔導各縣市政府執行市售動物用藥品品質抽驗391家次，查獲違規案33件，累計罰鍰達89萬元，移送司法機關偵辦案2件。

　　為減少溫室氣體排放，本會已輔導農民正確選擇及合理有效使用肥料，99年預計推廣合理化施肥示範農場300處，至8月底已輔導182處，面積計226公頃，平均減少化學肥料施用量33%。推廣生物菌劑肥料施用於豆科、葫蘆科作物及果樹共6,100公頃。另在畜禽場減廢與資源再利用方面，輔導畜牧場辦理廢水、臭味、廢棄物減量及節能減碳工作580場次。

(四)健全動植物防疫檢疫體系

　　落實口蹄疫防疫工作，除澎湖縣持續停止施打疫苗外，積極推動口蹄疫疫苗注射措施及血清學監測，以提升免疫覆蓋率，建構全面停打疫苗基礎，99年至8月底疫苗注射率已逾90%。

　　自99年4月發生羊痘病例後，除採移動管制與淘汰處理等防疫措施外，並進行疫苗採購及自行研發，計完成43萬劑疫苗整備工作，於6月通知各縣市政府依其羊痘狀況，訂定推動其轄區羊痘疫苗免疫計畫，截至8月底，疫苗注射率達99%，疫情已獲控制。

　　推動重要動植物疫病監測、預警、防治等重點工作，建立入侵種生物管理機制，執行狂犬病、牛海綿狀腦病、檢疫果實蠅、線蟲及李痘病毒等海外重大動植物疫病害蟲偵測工作，維持我國為有害生物之非疫區。於國內機場及港口配置41組檢疫犬組，執行入境旅客隨身行李與貨物偵測，99年至8月底查獲農畜產品逾36,000件、36公噸。針對威脅生態系、棲地或物種的主要入侵種生物建立管理計畫，預計防除小花蔓澤蘭2,500公頃；研擬銀膠菊防治行動計畫，預定於99、100年分別清除銀膠菊1,250公頃，本年至9月底已清除582公頃。

　　積極拓展外銷市場，突破檢疫障礙，99年至8月經檢疫殺蟲處理後輸往美、日、韓之鮮果實計2,670公噸。輔導蘭花生產業者符合美、加、韓之附帶栽培介質規定者計165家，附帶介質蝴蝶蘭之輸出量計877萬株；澳大利亞8月26日公告，我國成為第一個獲准放寬帶介質蝴蝶蘭的輸入國。並依98年12月簽署「海峽兩岸農產品檢疫檢驗合作協議」，雙方相互查詢、通報及聯繫案件計96件，99年9月27至28日於福州召開兩岸農產品檢疫檢驗合作第2次工作會商，獲致突破性成果，農民關心之鮮梨、調製豬肉及加工畜禽產品等將可輸銷至大陸。

二、打造卓越農業，領先科技布局全球

(一)發展農業生技、蘭花、石斑魚、觀賞魚、種苗及種畜禽產業

　　執行跨部會之農業生物技術產業化發展方案，99年至8月底已核定策略規劃、創新生技研究及產學合作計畫等46項；辦理GMO服務平台計畫5項。本會畜產試驗所、水產試驗所及農業試驗所之創新育成中心，已有10家廠商完成申請及簽約進駐，累計進駐廠商21家。

　　持續擴大蘭花生產專區，蘭花專區面積由98年4處79公頃，擴大為99年8處129公頃。輔導外銷專區花農產銷與貿易商策略聯盟，促進產業升級轉型。辦理2010台灣國際蘭展，到訪的國外買家增加為32國，參觀人數達32萬人次，創造產值55億元。99年5月蝴蝶蘭在英國Chelsea花展中受到英國女王之喜愛，勇奪銀牌獎，累積豐富外銷能量。99年1至7月蝴蝶蘭出口值4,360萬美元，較98年同期3,254萬美元成長34%。

　　推動2010國際花卉博覽會，展期為2010年11月6日至2011年4月25日，將有33國62城市以上參展，可展現我國園藝實力及農業創新科技成果，增加國際能見度。展場所使用花卉植栽約3,000萬株，90%以上由國內生產，直接照顧國內花農，可提升國產花卉產值22%；花博會預估800萬人參觀，與全國19個縣市合作規劃15條跨區觀光遊程，推出國內花卉樂活旅遊，將遊客行程延伸到產地，帶動各地觀光及休閒農業旅遊發展。

　　創造石斑魚產業新商機，透過專案允許漁船運搬養殖活魚外銷，99年至7月石斑魚活魚外銷量4,121.6公噸，出口值3,904.9萬美元，較98年同期2287.7萬美元成長71%。99年3月19日本會與交通部會銜訂定「台灣地區漁船航行至大陸地區許可及管理辦法」，使15艘台灣活魚運搬船可直接航行至大陸福州、廈門等11處港口，兩岸和平發展創造有利環境，讓漁民的經營產生新商機。

　　發展觀賞魚產業，於屏東農業生技園區規劃設置「外銷觀賞魚及水產種苗研發產銷暨物流中心」，已同步展開招商工作，預計至100年11月完工。研發石斑魚種苗及觀賞魚量產模廠技術，提升點帶石斑與瑪拉巴石斑育苗率為3～8%(業界約1%)，並成功開發七星石斑及海葵魚量產技術。

　　已與歐盟(27國)、美、日、澳等國協議並同意相互受理植物品種權申請，並與歐盟植物品種局(CPVO)達成簡化植物品種權申請程序等協議，大幅縮減檢定時間及費用。

　　發展科技種畜禽產業，已育成19個畜禽新品種，帶動65家畜牧場辦理種畜禽的血統登錄及繁殖檢定，並有31家已轉型為種畜禽場，生產精液、胚與種禽蛋等高價位商品，99年至8月底產值已達9億元。協助業者選育種豬與種牛，年產1萬公斤牛奶的天噸乳牛約1,211頭，近8年成長10倍。

(二)育成農業新品種及開發新技術

　　99年至8月底已育成大豆、落花生、洋桔梗、薑花及茄子等新品種，取得植物品種權9件。取得綠竹筍採收保鮮裝置、水稻種子溫湯消毒機等專利23件；辦理技轉案58件，技轉金收入達3,276萬元。輔導業界提升技術研發能量及經營管理能力，99年推動建立水產種苗及觀賞魚農企業體系，完成訪視診斷174案，輔導科技農企業52案。

　　推動農業科專計畫，整合農業產官學研各界之研發能量。至99年8月底共核定11件法人科專計畫投入研發，包括協助解決原料加工、菇類應用、花卉產業節能減碳及動物疫苗產業發展瓶頸等，輔導業者23家，共核定25件業界科專計畫，帶動業者經費投入1.1億元。

(三)持續建設產業創新園區

　　迄99年8月底已完成屏東「農業生物科技園區」基礎工程233公頃，獲准進駐廠商58家，投資金額達43.5億元，其中進駐廠商41家已營運生產，以園區為核心逐漸形成產業聚落。台南縣「台灣蘭花生物科技園區」已完成第1至3期園區115公頃大地工程、營運服務中心等建設，核准46家廠商進駐，總投資額約24億元，已有30家廠商進駐營運。兩園區均列入台灣全球招商計畫，以建構農業生技產業聚落及蘭花全球價值鏈。

(四)擴大經營規模，提升經營效率

1. 推動小地主大佃農政策：至99年8月底，出租農地之小地主共7,555人，大佃農共668人，承租農地總面積達3,669公頃，99年目標5,000公頃。平均每戶耕地面積增為6公頃，為現行台灣平均農戶農地面積1.1公頃之6倍，有效引導擴大經營規模。納入輔導之專業農民平均年齡42歲，相較一般農業主要經營者平均年齡約62歲，年輕化效果顯著。
2. 建置稻米等生產專區：輔導建置稻米專區39處，全年契作面積約1.4萬公頃，平均每期作每公頃農民收益增加約1.2萬元；設置花卉生產專區20處386公頃；輔導設置外銷供果園3,327公頃。
3. 輔導優質農產品契作產銷：推動落花生、紅豆、甘藷、芝麻、黑豆等雜糧作物農工契作示範848公頃；輔導辦理冷凍毛豆農友與農民團體或農企業合作契約生產5,500公頃。
4. 促進茶葉廠農合作：輔導共同防治安全用藥及合理化施肥，參與單位計137個，面積1,660公頃；另輔導設立優質茶專區170公頃，藉由產、製、銷合作經營，穩定茶源供應及建立品牌化產品。
5. 推動蔬菜滾動式倉儲：掌握農民團體大型冷藏庫庫存蔬菜約有6,500公噸，辦理夏季蔬菜滾動式倉貯計畫，其中購貯甘藍及結球白菜1,470公噸，可於颱風豪雨災害期間釋出，穩定夏季蔬菜供需。
6. 推動責任制漁業：持續辦理漁船收購計畫，以降低漁撈壓力，並規劃投放22萬立方公尺以上之人工魚礁，及放流魚貝介種苗1,000萬尾(粒)；積極推展釣具類及娛樂漁業活動，輔導網具類漁業轉型發展。99年6月發布「二十噸以上未滿一百噸延繩釣漁船裝設漁船監控系統輔導措施」，最高補助金額為新台幣1萬5千元。

(五)開創農業行動化雙向加值服務

　　整合各項農業電子化資源，包括農產品批發市場交易行情、植物疫情警報、農業農情報告、農業專業教育訓練等20多項。藉由「農業行動化平台」將相關訊息即時以簡訊、傳真、電子郵件及語音電話等方式傳播給農友。迄99年8月底，網站會員數逾1萬2千人，訊息發布次數超過28萬5,000次。

(六)簽署兩岸經濟協議(ECFA)及未來因應

　　兩岸經濟協議於99年8月17日獲 大院審議通過，在我國堅持保護農業的立場下，協商結果為繼續管制830項中國大陸農產品，不新增開放項目；已經開放的1,415項農產品也不降稅，以及陸方在未附加任何條件下，給予我方18個稅項農漁產品納入早收清單免稅優惠。對於已開放進口的中國大陸農產品，本會將續採加強檢疫及衛生查驗、反傾銷、進口防衛或境內救助等作為，並積極輔導農民進行產業結構調整等措施因應。

(七)兩岸簽署智慧財產權保護合作協議後續因應

　　強化農業核心技術管理，防範重要農業科技外流，掌握台灣農業命脈，本會已將種苗繁殖、食藥用菇液體培養及新品種育種等關鍵技術嚴格管制，積極由法令、制度及執行等層面，針對品種、技術及人員採取有效管理措施，並推動兩岸良性農業交流。在農業智慧財產權保護之因應如下：

1. 設置品種權工作組，建立官方溝通平台，將我方之文心蘭、木瓜、芒果、番石榴、鳳梨、印度棗等優勢作物納入中國大陸公告適用植物種類。
2. 防止台灣著名農產品產地名稱在中國大陸遭搶註，透過雙方建立之執法協處機制，相互提供必要的資訊，共同防止惡意搶註行為。
3. 強化水果等農產品虛偽產地標示之查處監管，請中國大陸加強市面仿冒台灣水果之取締。並請陸方儘速核准台灣CAS優良農產品及吉園圃等證明商標之註冊申請案，其中CAS標章已核准公告，待公告期屆滿可辦理註冊，將使90%之CAS商品獲得保障。

(八)推動國際農業合作

　　在雙邊國際農業合作方面，我國與美、加、荷、以、澳、越、泰、菲等國家簽署農業合作協定或備忘錄，以期建立台灣在熱帶及亞熱帶農業產業鏈的樞紐地位。為避免自越南進口產品混充大陸相關產品(大蒜、乾金針及茶葉)影響雙方貿易，本會於99年第6屆台越農漁業合作會議向越南政府提出關切，達成尋求可行解決方案之共識。另派遣農、漁、牧相關領域專家赴帛琉、貝里斯、瓜地馬拉等國，協助其農業產業發展評估或提供技術協助等。

　　積極參與世界貿易組織(WTO)農業談判與相關議題之諮商，參與亞太經合會(APEC)、經濟合作暨發展組織(OECD)等各項活動與會議，強化我國際參與度與能見度。99年8月我國主辦第5屆國際漁業人論壇(IFF5)，來自美國等28個國家，計有138個國內外機關、團體約300餘人參加。於本年10月組團參加於秘魯舉行之「APEC海洋部長會議」；另11月我國將主辦「2010年亞太種子協會(APSA)年會」，對我國建立亞太種苗中心計畫具指標意義。

三、發展樂活農業，提升舒適農村生活

(一)推展農業深度旅遊

　　迄99年8月底累計輔導休閒農場同意籌設478家，其中取得許可登記證者計240家，累計劃定休閒農業區67處，並辦理評鑑工作，依各區發展需求及特質給予適當輔導。加強休閒農業國內外行銷，99年參加「2010台北國際觀光博覽會」、「2010海峽兩岸台北旅展」等。

　　發展地方農業產業文化，99年預計辦理「新社花海行‧樂活99好心情」及「農情台九線‧花東花海行」等產業文化活動。輔導開發具地方農業特色之伴手精品45項、女兒禮及組合禮盒30項；累計輔導農村家政婦女成立田媽媽料理154班，培訓班員2,000人次以上，滿足遊客在農村旅遊時吃、喝、玩、樂及買的需求。

　　促進漁港多元化發展，至99年8月底規劃於八斗子、烏石及梧棲等3處漁港設置遊艇泊區，並設置釣魚平台及公共設施整建，以活化漁港與漁村。辦理全台16條休閒漁業旅遊路線之節目製播，推薦予國人從事休閒旅遊之參考。

　　推展森林生態旅遊，本會林務局業選定以花蓮大農大富、嘉義東石鰲鼓、屏東林後四林等3處台糖公司農場作為園區地點，迄99年8月底完成花蓮、屏東園區之期末簡報，與嘉義園區之期中簡報，以及各園區地方說明會與座談會共計15場次，將於100至101年分別完成以有機樂活、溼地保育及低海拔生態為主題之園區。持續整建18處國家森林遊樂區，完備8處自然教育中心網絡之串連，建構無障礙環境，提供163萬人次生態教育機會。

(二)開發農業精品與整合行銷

1. 經典好米：將「送好米、上好禮」之送禮新意念推展至消費者及企業，99年至8月底計完成45場鄉鎮級稻米品質競賽活動；辦理經典好米禮盒評選活動，並分別評選出「伴手米禮」類及「婚嫁米禮」類各10件；於9月辦理台灣米博覽會，行銷推廣台灣好米。
2. 台灣茗茶：預計提供具茗茶精品形象之廠農合作、產銷履歷及產地證明標章優質安全茶品計1,200公噸，產值約13.2億元。辦理「世界健康日．全民喝茶日」等大型宣傳活動。
3. 農村美酒：輔導農會、合作社、產銷班等發展農村酒莊25家。99年4月參加布魯塞爾國際酒類評鑑，大湖地區農會及南投縣車埕酒莊產製的「草莓淡酒」及「車埕老站長」梅子酒，在49個國家6,964款參賽酒品激烈競爭下，榮獲銀質獎殊榮；霧峰鄉農會及南投縣信義鄉農會酒莊產製的「燒酎米酒」及「狂野梅子酒」榮獲第7屆德國國際烈酒評鑑銀質獎，顯見我國農村製酒技術與品質已臻世界水準。
4. 竹製精品：已開發精緻竹材3C產品，如i-phone手機、電子相框等產品及35項商業化精緻竹炭纖維織品等，至8月底產值約18億元。
5. 金鑽水產：輔導台灣省漁會等20個漁民(業)團體開發精緻水產品，並委託辦理「水產精品」評選活動，後續將辦理產品發表、展售活動。
6. 優質畜產：將具有地方性或特殊性畜禽產品開發成精緻化、廚藝化及機能性畜產精品。預計開發養生雞精、甘醇熟成火腿及滷肉醬等即食性產品，年產值達29億元以上。
7. 辦理農漁會百大精品之評選與行銷：輔導農漁會以「嚴選製造、在地生產」健康安全的農產品，99年計有農漁會73家、計100項優質好禮入選。輔導農會建立實體通路、新增團購及網路商城等新興通路，於10月假台灣大學舉辦台灣農漁會百大精品展。
8. 促進農產品國際行銷：推動強化農產品全球市場深耕計畫，組團以台灣館形式參加「2010台北國際食品展」，並辦理農產品海外參展行銷統一識別形象設計。於東京、香港等都會設有台灣農產品展售據點，規劃於上海成立推廣、物流及網路行銷多元服務平台，9月在大上海地區共150餘家店鋪辦理「台灣蔬果節」宣傳活動，預估本年出口至中國大陸之水果可達8,000公噸，可望再創水果銷中新紀錄。

　　99年至8月底我國農產品出口值為25.93億美元，較98年同期成長23.2%，其中鰻魚、蝴蝶蘭、台灣鯛、文心蘭、毛豆、芒果、茶葉與萵苣等品項之出口值均較去年同期增加1百萬美元以上。台灣生鮮水果出口更達721萬美元，較去年同期大幅增加127%，顯見兩岸直航效益。

(三)推動農村再生

　　農村再生條例於99年8月4日公布施行，是首次讓農民真正當家作主的法律，本會將依該法有秩序的推動農村發展，打造有生活品質、安居樂業的富麗新農村。

1. 農村再生人力培育：透過培根計畫之推動，激發社區潛能及凝聚力，以客製化之課程，依據社區資源不同之差異，透過做中學、學中做的帶動，建立農村民眾參與農村規劃的機制，社區「自主營造」作頭家，迄99年8月底累計已培訓919社區、38,843人次。
2. 農漁村社區建設：辦理農漁村社區建設、基礎生產條件改善及環境綠美化416社區；依據個別農村社區特性及發展願景，改善農村基礎生產條件，例如辦理有機無毒農村生態(馬太鞍、南埔、羅山社區)等。輔導台南縣七股、宜蘭縣礁溪等40處沿海養殖漁村辦理漁村再生計畫。
3. 創新鄉村社區人文發展：99年至8月底完成創新農村社區人文種子訓練班14梯次216人次，案例研習2梯次163人次，成立15個在地輔導團隊，辦理112個農村社區人文發展。輔導7縣178鄉鎮農會運用綠色產業資源，辦理青少年農業及鄉土教學作業組、農業後繼者活動、農村夏令營等，以實作方式引導青少年學習農業，參加人數計140,598人。
4. 農村優質生活及健康照護：提升農村婦女生活經營能力，輔導154家農會強化1,536班家政班組織功能，計有32,809位婦女參與學習；99年9月21日「田媽媽」受邀於日本「第15屆APEC婦女領導人網絡會議」談農村婦女成功創業經驗，讓我國的田媽媽成為台灣之光。辦理農村高齡者生活改善班100班，服務高齡者計4,960人，增進高齡者自我健康管理及生活調適能力，並輔導10個農會辦理轄內的高齡農民及農家婦女表演創新性節目，活化高齡的農村社區。

(四)提升企業化經營人力

　　促進農業經營朝合理化與企業化發展，辦理多項經營管理人才培訓工作。至99年8月底，已培育28位新進農業經營管理顧問專家，並辦理原有顧問專家回訓3場次、53人次，強化經營管理診斷與輔導能力。

　　輔導農會轉型發展經濟業務，已輔導31家農會發展經濟業務。辦理農漁會推廣人員輔導產銷班培訓88人，提升第一線農漁會推廣人員輔導企業化經營的專業職能。

　　推動農業人力培育，辦理農業體驗營、產業體驗營、產業別進階訓練49梯次1,300人。針對有意從農青年，規劃辦理農場見習100人及農業職業訓練10梯次計300人。培育農漁民第二專長訓練1,730人，辦理船長12公尺以上之漁船各級幹部及普通船員訓練計7,838人次。

　　規劃設立農民學院，結合農業研究、教育、推廣資源，建構完整之農業學程及課程；建立農業能力認證制度，確保農業人力之專業化與品質；建立網路學習平台，普及學習機會；設立農業經營諮詢服務體系，協助農民提升經營效能。透過教育訓練、實習和認證，提升農業專業人力素質。

(五)提升農業金融經營績效

　　建構全國最大的金融服務系統，99年6月28日農業金庫與301家農漁會簽訂「代理收付款項總契約書」，簽約後1,154處營業據點提供民眾國民年金、信用卡費及稅款等繳費代收服務。推動農漁業金融資訊共同利用業務，讓農漁會從柑仔店變連鎖店，已成立全國農業金融及資訊中心，參加該中心農漁會計323家，占全體農漁會數94%，將於101年整合完成全國農業行銷網路，提供便利之農產品交易平台。

　　持續推動改善農漁會信用部經營體質措施，截至99年8月底，全體農漁會信用部放款7,298億元，逾期放款269億元，逾期放款比率3.69%，分別較93年1月底農漁會信用部業務一元化管理前增加1,678億元、減少726億元及降低14.02個百分點，創近15年來新低。

　　賡續推動政策性農業專案貸款，支應農(漁)業者農業經營資金需求。99年1至8月計核貸農(漁)民4萬6千名，貸放金額達263億元；對於擔保能力不足農(漁)業者提供農業信用保證，協助2萬9千農(漁)民取得農業融資約153億元。　　

(六)規劃成立農業部

　　配合行政院101年組織調整作業，將行政院農業委員會提升為農業部，並規劃進行重大組織調整如下：

1. 建立農產品行銷、品質安全及消費者服務之單一窗口：農業部規劃將國際性、綜合性之農產品行銷、品質安全，以及消費者保護等業務，由原分散於各產業機關(單位)，整合至「農產品行銷司」辦理。
2. 落實動物保護及寵物管理：規劃成立動物保護專責單位「畜產及動物保護司」，期能強化動物及寵物之管理業務。
3. 重視農業資源永續利用及發展：為解決全球性氣候變遷造成農業用地與水資源短缺與劣化等問題，未來農業部「綜合規劃司」將負責綜合性農業資源保育與永續利用策劃及協調，以提升農業資源效率。
4. 落實農村建設及農村再生：為實質照顧台灣4,000個農漁村、60萬戶農漁民，本會落實推動農村再生條例，規劃成立「農村發展署」，負責統籌農村規劃及建設相關資源，並配合區域性農業政策，整合政府各部門在農村社區實施之建設及計畫。
5. 加強南部地區之漁業重心：彰化以南等地區及澎湖縣為遠洋與養殖漁業重鎮，其漁產量達我國總漁產量約86%，其中大型遠洋漁船約93%集中於高雄及屏東地區。為提升效率，滿足中南部漁民之期待，漁業署將成立南區分署。
6. 強化花卉研究能量：台灣花卉產值約為125億元，已具備可觀之基礎與能量，為提升台灣花卉產值，進而將台灣建設成世界級花卉島，農業試驗所將成立花卉試驗分所。

(七)照顧農民福利

　　持續發放老年農民福利津貼，99年1月至8月底計核發337.9億元，受惠農漁民719,752人。持續發放農漁民子女就學獎助學金，99年至8月底計發放9億餘元，受益農漁民子女133,618人。政府為減輕農民負擔，每年定額補助農田水利會22.3億元，維持台灣省15個農田水利會營運及服務農民。

　　在農業天然災害救助方面，99年至8月底歷經甲仙地震、低溫寒害、連續豪雨等災害，計核發現金救助金額1.97億元，受益農漁戶數計6,851戶。

　　為確保農民收益，持續辦理稻穀保價收購，99年1期作收購公糧稻穀12萬3,656公噸，支付收購價款28.2億元，以收購價格與市價之價差估算，直接增加農民收益約3億元。

　　辦理農業動力用電補貼，99年度電價仍維持97年度調漲後現行電價，繼續補貼農業動力用電漲幅之二分之一措施，以減輕農漁民用電成本負擔。修正「漁業動力用油優惠油價標準」，補貼期程修正為至102年12月31日前維持14%漁船用油補貼。98年度漁船用汽油計補貼4,847艘，補貼金額總計約7,300萬元，業於本年5月14日完成撥付。

　　為減輕農民用肥負擔，98年國際肥料原物料行情開始下跌，優先反映調降農民購肥價格。98年本會投入肥料補貼經費達57.5億餘元，99年仍有11種主要化學肥料持續補貼中，國內農民購肥價格多已較鄰近國家低廉，以尿素為例，99年8月份國內農民購肥價格為每公噸9,000元，僅日本國內價格之3成，亦低於中國大陸價格。

四、落實永續農業，維護自然生態環境

(一)推動農地資源空間規劃

　　因應國土利用採行功能分區規劃及管理方向，積極保護優良農地及其農業生產環境。迄98年底，本會已協助宜蘭縣等15個縣政府完成縣級農地資源空間規劃作業。另為深化縣級農地資源空間規劃成果，規劃自99年起，以3年時間協助各縣政府完成轄區內主要農業鄉鎮之農地資源空間規劃作業，期藉由引導農業經營區位合理配置，促進農地資源有效利用。預計至本年底完成10縣40個鄉鎮級農地資源空間規劃計畫。

(二)強化多功能農田水利建設

　　改善農場經營環境及農村生活環境，99年計辦理農田水利渠道更新改善350公里及相關構造物改善1,320座；辦理農地重劃面積291公頃。辦理擴大公共建設投資計畫「加速重劃區急要農水路改善」，辦理農地重劃區內急要農水路改善388公里、早期農地重劃區農水路之更新改善1,938公頃及灌排水路維護4,000公頃。推廣農民施設旱作管路灌溉設施1,700公頃，推動全省農田水利會加強灌溉水質監測，已建置水質監視點2,608點。

(三)推動綠色造林

　　推動綠色造林計畫，鼓勵民眾參與造林，增加碳吸存，99年目標為推動平地及山坡地造林4,450公頃，至8月底已推廣造林面積4,503公頃，平均每人可增加綠地面積1.94平方公尺。

　　針對濫墾收回地、土壤退化區及崩塌地等完成劣化地復育，99年預定完成250公頃，至8月底已完成720公頃(含崩塌地310公頃)。並持續建構西部濱海綠色廊道，99年預定完成海岸及離島造林140公頃，至8月底已完成125公頃。

　　加強林地管理及森林保護，防範濫墾、盜伐及森林火災發生，99年至8月底已取締新濫墾10件(面積4.15公頃)、盜伐54件、盜獵野生動物獵具826件、搶救森林火災28次(面積31.10公頃)。加速國有林租地造林地補償收回，99年預計收回700公頃，至8月底已收回租地479公頃。

　　提升我國保護(留)區之經營管理效能，維護生物多樣性及生態完整性，99年累計將完成30處保護(留)區之經營管理效能評估，建立已入侵生物長期防治及管理機制，推動與國內外保育團體建立夥伴關係，辦理522生物多樣性日，建立地層下陷區溼地生態園區經營示範及加強劣化棲地之管理。審核通過社區林業計畫124件，鼓勵在地參與生物多樣性保育，協助社區營造優質生活環境。

(四)落實整體性治山防災

1. 整體性治山防災計畫：以「治山、防災、保育、永續」四個面向，99年至8月底辦理土石災害防治、區域性水土資源保育與綠環境營造及特定水土保持區治理等89件，控制土砂量340萬立方公尺，並配合辦理土石流監測及預報，減少土砂災害發生。
2. 易淹水地區水患治理計畫：辦理保育治理工程1,681件，有效土砂控制量1,525萬立方公尺，保護山坡地面積56.2萬公頃，保護人口128.3萬人，減少土砂災害及下游淹水損害。配合流域整體治理，改善農田排水7公里、防洪設施60座。
3. 加速山坡地治山防災及清疏計畫：辦理野溪清疏232件，清疏土石500萬立方公尺，山坡地土砂災害緊急處理228件，控制土砂量1,176萬立方公尺，降低災害規模確保聚落安全。
4. 石門水庫及其集水區整治計畫：辦理水庫集水區保育工程330件，控制土砂量1,439萬立方公尺，減少水庫淤積來源，延長水庫使用壽命。
5. 土石流防災監測與預報：完成土石流防災疏散避難演練及宣導258場；培訓土石流防災專員826人，99年底增至1,000人。與美國劇烈風暴實驗室、交通部氣象局及經濟部水利署合作發展QPESUMS定量降雨模式，提升土石流警戒發布精度，增加早期預警時間。
6. 國有林整體性治山防災：以國有林集水區為治理單元，辦理國有林集水區整體性治山防災工程計250件，已全數完成發包，並已完工74件，預定於99年底完成後，可處理崩塌地面積360公頃及抑制土砂下移量690萬立方公尺(含莫拉克風災崩塌地治理80公頃及抑制土砂下移量260萬立方公尺)。

五、加速農業重建，恢復災區產業機能

(一)產業重建轉型升級

1. 農糧產業重建

   　　農業重建結合發展精緻農業，從大破壞後的重建中轉型升級。蝴蝶蘭全部恢復生產並陸續外銷，原訂103年產值倍增目標(53億元)提早至102年達成；協助災區果樹、蔬菜、水稻、茶產業更新改善受損設施設備與農機具，恢復農業產銷機能。

2. 漁業產業重建
   (1)養殖漁業方面，屏東縣石斑魚受損725公頃，截至99年8月底已有598公頃完成復養(復養比率約8成)，99年6月24日已全部完成客土及消毒作業，受益面積310公頃。原訂104年產值倍增(76億元)目標，預定提早至102年達成。
   (2)配合莫拉克災區重建工作，補助屏東、高雄等縣市養殖石斑、觀賞魚及水產種苗業者，設置太陽光電發電設備。自99年起於三年內補助漁民設置太陽光電發電設備，截至8月底總申請案件共計355件。
   (3)99年5月公告「獎勵建造高效率新型活魚運搬船計畫」，規劃獎勵建造3艘高效率新型活魚運搬船。完成高雄縣永安養殖漁業生產區冷卻水共同給水管線250公尺；高雄縣彌陀鄉養殖漁業生產區共同給水第三期工程。

3. 畜牧產業重建方面

   　　協助農民整修設施、恢復種畜禽生產，回歸正常生產運作，至99年8月底受災養豬場重建比例達92.9%，豬隻復養比例達91.3%。另配合推動新式高效率健康畜禽生產系統，以加速產業轉型及升級。

(二)漂流木清理及多元利用

　　莫拉克颱風漂流木清理至99年5月底告一段落，約計145萬公噸，後續辦理曾文、南化水庫土砂疏濬等工程，陸續清出7萬3千公噸，總計數量約152萬公噸。

　　已建立漂流木多元利用模式，籌劃漂流木木雕藝術園區；提供台東縣嘉蘭村、高雄縣杉林慈濟大愛園區等災區家園重建用木材約3,365公噸；舉辦漂流木雕刻藝術創作活動5場次；進行原住民文化創意產業發展利用，培訓災區原住民110人以上；開發漂流木炭化與有機堆肥等商品化產品；對剩餘無利用價值之污泥、粉屑等，則進行土壤回填，創造生態上之價值。

(三)阿里山森林遊樂區整體改善

　　阿里山森林遊樂區為台灣最知名之旅遊景點，惟因園區開發建設甚早，建物較為老舊、景觀零亂，配合莫拉克風災重建之際，邀集交通部成立跨部會之「阿里山森林遊樂區災後復建暨整體規劃小組」，秉持創新、前瞻之思維，重新檢討全區之配置及動線，擬訂「阿里山森林遊樂區整體規劃」，分短期(99至100年)、長期(101至103年)進行景觀及商圈改善修建、空間結構調整活化、整體意象建立，大破大立，期使阿里山森林遊樂區脫胎換骨，讓阿里山森林遊樂區成為名實相符之國際知名景點。

(四)災區資源環境及農村社區復建

1. 災區資源環境重建
   (1)農田水利設施農地重劃區農水路復建：輔導各農田水利會、縣政府完成災損及復建工作，99年辦理莫拉克風災農田水利設施復建工程76件、農地重劃區農水路復建工程62件。
   (2)重大災區土石災害防治：99年至8月底以高雄縣甲仙鄉和南巷、屏東縣來義鄉義林村等18重大受災集水區為單元，進行中長期復建規劃。
   (3)防災重點聚落防汛緊急處理：針對80處預定劃設特定區域防災重點聚落進行緊急處理及簡易復建。另於重要瓶頸及淤積嚴重溪段辦理野溪清疏54件，清疏土砂291萬立方公尺。
   (4)重新檢視及更新土石流災害潛勢資料：公開1,552條土石流潛勢溪流，分布於19縣(市)、159鄉(鎮、市、區)、657村(里)。
   (5)配合國家災害防救科技中心，強化災害情資研判組功能：提供整合氣象、水災、土石流災害預報等複合型災害警戒資訊，供各級政府防災應變參據。
   (6)建立疏散避難標準作業流程：落實防汛整備宣導與演練，強化地方自主防災能力，擴大防災能量，落實土石流整體防災整備作為。
   (7)國有林復育、保育及重建：針對國有林有二次土砂災害及保全對象部分，已完工11件，預計99年底完成後可處理崩塌地面積80公頃及抑制土砂下移量260萬立方公尺；加強河川野溪及水庫疏濬方案，迄本年8月底累計執行量為1,718.3萬立方公尺，達成率171.8%，進度超前約71.8%。

2. 農村社區復建
   (1)輔導災區居民參與重建培根：培訓受災農村社區64處，提供受災社區重建所需資源和資訊，促進居民對農村社區防災的認識。
   (2)僱用災區民眾參與復建：進用128人，持續辦理莫拉克颱風災後農村社區重建相關工作，改善社區生產與居住環境。
   (3)農村社區設施修復及重建建設：計辦理南投、雲林、高雄、屏東及台東縣等156處農村社區，辦理農村社區災後環境復建、公共設施重建等工作。

(五)加速凡那比颱風災後農業重建

　　本會依據氣象局風雨資料研判，於99年9月18日17時起，分13次發布土石流警戒區預報，警戒區計疏散人數9,490人，其中屏東縣來義村進行預防性疏散，避免可能造成傷亡人數逾120人。至9月30日15時止凡那比颱風強風豪雨造成農業產物及民間設施估計損失計45億1,650萬元。

　　本會於第一時間成立28個技術服務團協助農民恢復生產，並依農業天然災害救助辦法公告現金救助及低利貸款地區，提供年息1.25%低利貸款20億元，對於本次受創嚴重之龍膽石斑及虱目魚養殖，提高農業天然災害低利貸款額度，充裕受災農漁民復建及復耕所需資金。另對莫拉克及凡那比雙重受災農漁民，將利率調降為1%，並停收利息一年，其經費由政府負擔，期儘速恢復農業產銷機能。