面對經貿高度自由化，臺灣農業須以新思維來提升產業競爭力，發展以科技為後盾，以市場為導向之優勢農業，布建農業科技創新產業價值鏈，發展高價值產業，開創農業發展新契機。

　　為達成上述目標，並依據2012年6月7日行政院第3301次院會通過「黃金十年—國家願景」之「樂活農業」施政主軸所揭示「設置農業科技研究院，推動農業科技創新研發與產業化發展」及2013年1月29日行政院科技會報第3次會議決議，籌設農業科技產業化當責機構之財團法人農業科技研究院（簡稱農科院）。藉由農科院靈活之組織營運模式，引進跨領域人才及其他產業成功經驗，為農企業、農民團體及農民提供農業技術、商品化及產業化服務，加速發展農業新創事業及國際化，逐步顯現各項產業化效益，以農企業帶動農業創新加值，強化農業科技國際競爭力，促進農業呈現嶄新之「年輕化、高競爭力且所得穩定」產業面貌。

　　農科院之設立方式係依民法新設立，本會於2013年11月20日核准該院之設立申請，2013年11月27日完成法人登記，2014年1月1日正式成立。農科院院址設置於新竹市香山區，未來再逐步擴充，並整合本會所屬試驗改良場（所），共同使用本會所屬試驗研究機關場地。該院納入原財團法人臺灣動物科技研究所、本會農業科技產業策進辦公室、農科事業化促進辦公室及農業生物技術產業化推動辦公室等具商品化與產業化經驗之人才，並依整體業務發展所需，設應用研發單位、產業策進單位及總管理處等單位。

　　農科院之任務為承接試驗研究機關（構）之研發成果，或與該等機關（構）合作將研發成果進一步加值運用，包括量產技術開發應用、標準規格訂定、實用性評估分析、智財保護與布局、品牌設計及市場行銷等，並輔導業者承接，進而商品化、事業化。其將採較政府機構更具彈性之法人運作，可進用跨專業技術、法務、財務及商業領域之人才，並擁有靈活之組織調整、績效考核、農企業輔導等優勢，以技術專業支援行政機關，並與本會所屬試驗改良場（所）之功能適切區隔，加速農業科技研發成果商品化開發、建構量產技術及強化技術保護、媒合與加值運用，朝擴大企業規模及國際化之方向發展。未來將運用科技化智慧與技術導入潛力重點產業創新、加值及行銷，建立科技農企業之成功發展模式，期達成「打造農業科技產業成為臺灣創新產業，帶動農企業與農民合作開創全民農業」之農業科技施政目標。