針對畜牧場污染問題，邀集專家、學者組成輔導小組，實地訪視各農戶，解決其實際問題，在養雞場方面，已輔導且具有實效者計73戶。養豬業者部分，辦理廢水處理設施定期功能檢查者，共計1,450件，申報設施故障與零件維修者計300件，並舉辦宣導教育30場，約1,500人次參加。

　　輔導成立污染防治技術服務團10團，配合本會畜產試驗所之推廣系統，針對各縣市提報之農戶，給予適時輔導協助，計協助550戶。

　　協助雲林、台南、高雄、屏東等縣政府，在重要河川流域，每月進行水質監測1次，並查訪相關養豬農戶計800戶，以源頭管理與減廢方式，降低對河川之污染。

　　另輔導養豬協會各縣級協會購置斃死豬集運車15輛，並利用衛星定位系統監測集運車之清運流程，避免斃死豬流入市場。此外，辦理基層行政人員與產業團體意見領袖講習會3場、畜牧事業廢棄物網路申報講習會3場。

(二)加強畜牧場減廢與資源再利用

　　於彰化、雲林、嘉義、台南、高雄及屏東等畜牧業分布較密集縣市，輔導示範養豬場設置廢水循環再利用節水設施，計輔導34場。另結合本會畜產試驗所系統及各地輔導體系，進行養豬場污染防治設施輔導改善工作，並定期監測及收集其放流水水質相關資料，計輔導24場。

　　委託國立中興大學抽檢禽畜糞堆肥成品，檢測項目包括肥料主成分、有害成分及其它重金屬（鎘、鉻、鎳、鉛、砷）等，計抽測143場次，對檢測數值偏高者，進行逆向追蹤檢測原料成分，協助禽畜糞堆肥場提昇自家品管能力。辦理禽畜糞堆肥場現場評鑑計41場次，公開頒獎表揚評鑑優等及甲等堆肥場計35家。另辦理禽畜糞堆肥場產品推廣促銷展示會31場次及堆肥場設施改善9場。