畜牧產業施政重點在輔導產製銷體系，建立統合經營模式，生產高品質、衛生、安全的國產畜產品，並建立如「台灣珍豬」、「自然豬」、「國產優良黑毛豬肉」、「台灣土雞」、「CAS蛋品」、「優質鵝肉」等品牌，以區隔進口產品，期增進消費者對國產品之信心。另亦加強飼料品質管理及落實畜牧場登記，並推動畜牧場減廢、污染防治及資源再利用等。此外，為增進動物福利及落實動物保護法，推動多項寵物、實驗動物及經濟動物之人道管理措施。

一、畜牧行政管理

二、畜禽產業輔導

三、污染防治管理與資源再利用

四、落實動物保護