(一)推動國際漁業合作

　　拓展國際漁業合作，已與27個國家達成漁業合作協議，期能有效紓解我漁場不足之困境；為達成「責任制漁業」目標，持續推動遠洋鮪延繩釣漁業產業結構調整，使作業船數與國際漁獲配額相符；為維護我國遠洋漁業權益，善盡船旗國責任，積極參與中西太平洋漁業委員會(WCPFC)等國際漁業組織，期透過國際間的漁業合作，提升在該等組織之參與層面，落實資源保育管理的目的。

　　有關台日漁權談判成果方面，第15次台日漁業會談於94年7月29日在東京圓滿結束，雖然在「劃定排除雙方法令適用水域範圍」議題仍需繼續協商，但在「日本海上保安廳與海巡署建立執法溝通協調機制」、「確認我國漁船享有在日本領海之無害通過及其專屬經濟海域之自由航行權利」、「日本扣捕我國違規作業漁船，將儘速通報我方及依個案要求提供相關具體證據」及「給予我方漁船緊急避難之協助」等漁業實務議題方面，則獲得日方正面回應，且雙方同意增加會談頻率，持續就漁業實務議題協商，期能儘速簽署漁業協定。預定95年3月間在臺北召開第16次台日漁業會談，妥善解決台日經濟海域重疊事宜。

　　在護漁措施方面，為持續維護漁業秩序與保障漁船(民)作業安全，本會漁業署於93年12月31日發布實施「政府護漁標準作業程序」，海巡署即依該程序派遣船艦護漁，並加強宣傳作業漁民，如遇有緊急事故，可透過漁業通訊電台或直接通報海巡署即時派遣海上勤務船艦就近協助；在台日簽署漁業協定之前，本會預計於94年度輔導100艘在台日重疊海域作業之20噸以上未滿100噸之延繩釣漁船安裝衛星定位系統(VMS)，及印製「暫定執法線」示意圖分送漁民使用，且洽請海巡署加強護漁頻率，以維護漁民在該海域之作業安全。

(二)推展資源管理型漁業

　　推動海洋牧場及沿岸漁場改造，94年度賡續規劃於澎湖內垵、宜蘭東澳進行海洋牧場建設，並於沿海16處人工魚礁區投放電桿礁4,000座及大型鋼鐵礁30座，透過完善管理機制，將人工漁場規劃成為海底觀光、船釣、潛水等遊憩景點，促進沿近海漁業朝多元發展。為增裕漁業資源，實施種苗放流，94年度放流石斑、鯛類等魚貝介種苗約1,000萬尾(粒)，預估增裕之漁業資源可達4,250公噸。另為減輕沿近海漁業資源過漁壓力，降低我國漁船總數及淘汰不適經營之漁船，實施減船措施，94年度預計收購漁船17艘(957船噸)，漁筏85艘，目前已核定第一批收購漁船16艘(319船噸)，漁筏64艘；此外，為使我國遠洋作業漁船數與從各區域性國際漁業組織所獲之配額相稱，於94年度實施第一階段遠洋延繩釣漁船減船措施，共計減少大型遠洋鮪延繩釣船作業漁船63艘，約2萬6千餘船噸。

　　為維護沿近海漁業資源，除由海巡署執行海上護漁與取締非法捕魚工作外，本會漁業署及台北、宜蘭、澎湖縣及基隆市政府所屬漁業巡護船，及各縣(市)組成之「聯合取締非法捕魚工作小組」，執行查緝非法或違規捕魚工作，94年度截至7月底止，取締非法及違規捕魚案件計90件。另為彰顯我國打擊公海違規流網漁船作業之決心，本會漁業署協調海巡署分別於94年4月及8月間派遣「巡護三號」及「巡護二號」至北太平洋海域巡護。

(三)加強養殖漁業管理

　　發展核心養殖產業，選定水產種苗、海鱺及石斑魚為核心發展魚種，推廣繁養殖技術及經營管理能力。辦理鰻魚、吳郭魚、石斑魚等養殖場資料建檔，94年預計可完成11,350場，並協助養殖漁民申領養殖漁業登記證15,000張。為整合養殖場經營規模，規劃設置完成47個養殖漁業生產區，計13,548公頃。推動優良水產養殖場制度，輔導200家漁戶獲得優良水產養殖場認證。94年度於雲林縣下崙北區等3處設置養殖生產區海水統籌供應站，改善宜蘭等7縣養殖區進排水設施11公里。

　　為建立多元運銷管道，94年度輔導澎湖馬公等5處魚貨直銷中心營運；於台北漁產公司導入電腦拍賣制度，並補助彰化魚市場更新電腦拍賣設備。輔導台北、新竹、埔心、嘉義、新港等5家魚市場通過衛生評鑑；23家水產品加工廠商通過CAS驗證標章。

(四)輔導漁港多元化利用

　　賡續推動漁港多功能建設計畫，朝休閒、觀光及教育文化等多元發展，提高漁港使用效能。94年度辦理正濱等78處漁港漁業公共設施建設；配合觀光客倍增計畫，針對高雄興達、桃園竹圍、嘉義東石及花蓮等4處漁港，進行浮動碼頭、木棧道及港區環境景觀建設。同時，推動民間參與漁港經營建設，拓展漁業經營面向。